RegExrv2.0
RegExr is an online tool to learn, build, & test Regular Expressions (RegEx / RegExp).……【阅读全文】
1月
08
Tag Archives: 工具
1月
08
[转]数据可视化工具
Great data visualization starts with great ideas and design but only materializes with the right tools. Here is a list of software I have used to produce figures and what I think their best features are.……【阅读全文】
10月
23
[荐]一些在线工具类的网站
- 设计
- 写作
- 生成
- 测试
欢迎朋友们予以补充！……【阅读全文】
2月
28
[荐]ECplot: An online tool for making standardized plots from large datasets for bioinformatics publications
12月
04
[荐]RTexeDoc和AutoLaTeX
RTexeDoc
An editor for structured text documents……【阅读全文】
10月
10
[荐]命令行系统监控工具Glances
Glances是一款开源的命令行系统监控工具，它是用Python语言开发的，使用psutil库来采集系统数据，在用户的终端上实时动态的显示重要的系统数据和变化。显示的数据包括：CPU、负载、内存、磁盘I/O、网络流量、文件系统、系统温度、内核、运行队列、消耗资源最多的进程等信息。这个高效的工具可以工作于任何终端屏幕。另外它并不会消耗大量的 CPU 资源，通常低于百分之二。……【阅读全文】
6月
26
[荐]The Elements of Bioinformatics：生物信息学“元素周期表”
Eagle’s Elements of Bioinformatics brings together all the tools in each category of bioinformatics software so that end-users can find all the information in one place.……【阅读全文】
10月
13
人类基因组中的基因密度、特征长度和SNP密度
一、源起
本周，在为本科生设计生物信息学实验的时候，突发奇想，想要利用Galaxy工具计算一下人类基因组的常识性信息，如：每条染色体上的基因密度，外显子、内含子等特征（feature）的平均长度，SNP在UTR、编码区、内含子等不同特征区域的密度。
二、工具
系统平台：Linux（Ubuntu 12.04，AMD64）。
UCSC Table：下载基因组数据至本地。
Galaxy：用于在线处理基因组数据。
BEDTools（v2.16.2）：用于本地处理基因组数据
R（v2.15.1）：绘制图表。
其他：Vim（v7.3.429）。
三、数据库
human genome：hg19
dbSNP：135
四、结果
1.基因在每条染色体上的数目与密度。
- 数据表格
| chromosome | length.bp | length.100kb | geneNumber | geneDensity.numberPer100Mb |
|---|---|---|---|---|
| chr1 | 249250621 | 2492.50621 | 4177 | 1675.82330718 |
| chr2 | 243199373 | 2431.99373 | 2563 | 1053.86784858 |
| chr3 | 198022430 | 1980.2243 | 2251 | 1136.73991376 |
| chr4 | 191154276 | 1911.54276 | 1592 | 832.835149343 |
| chr5 | 180915260 | 1809.1526 | 1739 | 961.223503203 |
| chr6 | 171115067 | 1711.15067 | 2071 | 1210.29669468 |
| chr7 | 159138663 | 1591.38663 | 1940 | 1219.06264853 |
| chrX | 155270560 | 1552.7056 | 2083 | 1341.5292635 |
| chr8 | 146364022 | 1463.64022 | 1437 | 981.79865541 |
| chr9 | 141213431 | 1412.13431 | 1573 | 1113.91670669 |
| chr10 | 135534747 | 1355.34747 | 1749 | 1290.4439922 |
| chr11 | 135006516 | 1350.06516 | 2485 | 1840.65189861 |
| chr12 | 133851895 | 1338.51895 | 2102 | 1570.39241021 |
| chr13 | 115169878 | 1151.69878 | 711 | 617.348921738 |
| chr14 | 107349540 | 1073.4954 | 1334 | 1242.66950748 |
| chr15 | 102531392 | 1025.31392 | 1357 | 1323.49710028 |
| chr16 | 90354753 | 903.54753 | 1600 | 1770.79782399 |
| chr17 | 81195210 | 811.9521 | 2331 | 2870.85900757 |
| chr18 | 78077248 | 780.77248 | 599 | 767.188925511 |
| chr20 | 63025520 | 630.2552 | 1167 | 1851.63089491 |
| chrY | 59373566 | 593.73566 | 347 | 584.435167664 |
| chr19 | 59128983 | 591.28983 | 2716 | 4593.34807095 |
| chr22 | 51304566 | 513.04566 | 924 | 1801.00929028 |
| chr21 | 48129895 | 481.29895 | 534 | 1109.49753786 |
- 条形图展示
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10月
13
关于EMBOSS和Galaxy的生物信息学实验课程设计
本人设计的针对本科生的生物信息学实验课程设计，包括涉及EMBOSS和Galaxy的三个题目：
- 基于 EMBOSS 平台对 *** 基因进行序列分析
- 基于 Galaxy 平台分析 *** 物种基因在基因组中的分布
- 基于 Galaxy 平台分析 *** 物种 SNP 在不同特征区域中的分布
对于每一个题目，我都记录了详细的操作步骤，对于想学习EMBOSS和Galaxy（主要是后者）的朋友可能会有所帮助。
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3月
16
监测网络流量的工具
实时监测工具（直观易用）
- slurm
安装：sudo apt-get install slurm
使用：slurm -i eth0
- nload
安装：sudo apt-get install nload
使用：nload
- iftop
安装：sudo apt-get install iftop
使用：sudo iftop
- bmon
安装：sudo apt-get install bmon
使用：bmon
- dstat
安装：sudo apt-get install dstat
使用：dstat
- nethogs
安装：sudo apt-get install nethogs
使用：sudo nethogs
- ifstat
安装：sudo apt-get install ifstat
使用：ifstat
- iptraf
安装：sudo apt-get install iptraf
使用：sudo iptraf
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