10月 13

关于EMBOSS和Galaxy的生物信息学实验课程设计

本人设计的针对本科生的生物信息学实验课程设计,包括涉及EMBOSS和Galaxy的三个题目:

  • 基于 EMBOSS 平台对 *** 基因进行序列分析
  • 基于 Galaxy 平台分析 *** 物种基因在基因组中的分布
  • 基于 Galaxy 平台分析 *** 物种 SNP 在不同特征区域中的分布

对于每一个题目,我都记录了详细的操作步骤,对于想学习EMBOSS和Galaxy(主要是后者)的朋友可能会有所帮助。
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4月 25

基因组工具套件——EMBOSS

EMBOSS 是”The European Molecular Biology Open Software Suite”的缩写,是一个开放源代码的序列分析软件包,它是一组为分子生物学家所设计的公开且免费软件。该软件能够自动识别处理以不同格式存储的数据, 甚至可以通过互联网提取数据,此外同软件包一同提供的还包括大量的程序库,软件包整合了 100多个的序列分析程序,可以满足一般实验室的各种各样的序列分析要求。并且,因为该软件包同时提供了一个扩展库,它也是允许其他科学家依据自由软件精神编制、发布软件的一个平台。EMBOSS 同时将现在可以得到的一系列序列分析工具整合成一个无缝的整体。EMBOSS遵照GPL协议,打破了向商业软件包发展的传统模式。……【阅读全文】