10月 10

[荐]命令行系统监控工具Glances

Glances是一款开源的命令行系统监控工具,它是用Python语言开发的,使用psutil库来采集系统数据,在用户的终端上实时动态的显示重要的系统数据和变化。显示的数据包括:CPU、负载、内存、磁盘I/O、网络流量、文件系统、系统温度、内核、运行队列、消耗资源最多的进程等信息。这个高效的工具可以工作于任何终端屏幕。另外它并不会消耗大量的 CPU 资源,通常低于百分之二。……【阅读全文】

10月 29

在Linux平台上使用Evernote

0.Evernote

Evernote 是一款笔记软件,拥有简洁的操作界面和稳定的远程存储功能。笔记可以是一段文字、一个完整的网页或网页摘录、照片、语音备忘录或者手写笔记。笔记也可以添加附件。笔记可以按不同的文件夹分类,添加标签,注释,编辑,搜索或者导出,还有远程同步和备份功能。……【阅读全文】

10月 13

人类基因组中的基因密度、特征长度和SNP密度

一、源起

本周,在为本科生设计生物信息学实验的时候,突发奇想,想要利用Galaxy工具计算一下人类基因组的常识性信息,如:每条染色体上的基因密度,外显子、内含子等特征(feature)的平均长度,SNP在UTR、编码区、内含子等不同特征区域的密度。

二、工具

系统平台:Linux(Ubuntu 12.04,AMD64)。
UCSC Table:下载基因组数据至本地。
Galaxy:用于在线处理基因组数据。
BEDTools(v2.16.2):用于本地处理基因组数据
R(v2.15.1):绘制图表。
其他:Vim(v7.3.429)。

三、数据库

human genome:hg19
dbSNP:135

四、结果

1.基因在每条染色体上的数目与密度。

  • 数据表格
chromosomelength.bplength.100kbgeneNumbergeneDensity.numberPer100Mb
chr12492506212492.5062141771675.82330718
chr22431993732431.9937325631053.86784858
chr31980224301980.224322511136.73991376
chr41911542761911.542761592832.835149343
chr51809152601809.15261739961.223503203
chr61711150671711.1506720711210.29669468
chr71591386631591.3866319401219.06264853
chrX1552705601552.705620831341.5292635
chr81463640221463.640221437981.79865541
chr91412134311412.1343115731113.91670669
chr101355347471355.3474717491290.4439922
chr111350065161350.0651624851840.65189861
chr121338518951338.5189521021570.39241021
chr131151698781151.69878711617.348921738
chr141073495401073.495413341242.66950748
chr151025313921025.3139213571323.49710028
chr1690354753903.5475316001770.79782399
chr1781195210811.952123312870.85900757
chr1878077248780.77248599767.188925511
chr2063025520630.255211671851.63089491
chrY59373566593.73566347584.435167664
chr1959128983591.2898327164593.34807095
chr2251304566513.045669241801.00929028
chr2148129895481.298955341109.49753786

 

  • 条形图展示

基因在每条染色体上的数目与密度
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11月 29

shell中的bash与dash

Linux中的shell有多种类型,其中最常用的几种是Bourne   shell(sh)、C   shell(csh)和Korn   shell(ksh)。三种shell各有优缺点。Bourne   shell是UNIX最初使用的shell,并且在每种UNIX上都可以使用。Bourne   shell在shell编程方面相当优秀,但在处理与用户的交互方面做得不如其他几种shell。Linux操作系统缺省的shell是Bourne   Again   shell,它是Bourne   shell的扩展,简称Bash,与Bourne   shell完全向后兼容,并且在Bourne   shell的基础上增加、增强了很多特性。Bash放在/bin/bash中,它有许多特色,可以提供如命令补全、命令编辑和命令历史表等功能,它还包含 了很多C   shell和Korn   shell中的优点,有灵活和强大的编程接口,同时又有很友好的用户界面。……【阅读全文】

10月 25

Ubuntu11.10中的Compiz设置

经过近两天的折腾,终于把Ubuntu系统从10.10换到11.10了!在此过程中主要遇到两个问题:不会使用Unity和Compiz的异常崩溃。前者主要是使用习惯问题,经过一两天的摸索,已经基本顺手了;后者则原因多多,非一言两语可以说清。为了避免各位朋友重蹈覆辙,此处推荐一篇资料:Ubuntu 11.10 Linux 3D 桌面完全教程,显卡驱动安装方法,compiz特效介绍,常见问题解答。……【阅读全文】