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简介
bedtools总共有二三十个工具/命令来处理基因组数据。比较典型而且常用的功能举例如下:
格式转换,bam转bed(bamToBed),bed转其他格式(bedToBam,bedToIgv);
对基因组坐标的逻辑运算,包括:交集(intersectBed,windowBed),”邻集“(closestBed),补集(complementBed),并集(mergeBed),差集(subtractBed);
计算覆盖度(coverage)(coverageBed,genomeCoverageBed);
此外,还有一些强大而实用的工具(shuffleBed,groupBy,annotateBed,……)。……【阅读全文】