bedtools：灵活而强大的基因组数据处理套件

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  • 简介

bedtools总共有二三十个工具/命令来处理基因组数据。比较典型而且常用的功能举例如下：
格式转换，bam转bed（bamToBed），bed转其他格式（bedToBam，bedToIgv）；
对基因组坐标的逻辑运算，包括：交集（intersectBed，windowBed），”邻集“（closestBed），补集（complementBed），并集（mergeBed），差集（subtractBed）;
计算覆盖度（coverage）（coverageBed，genomeCoverageBed）；
此外，还有一些强大而实用的工具（shuffleBed，groupBy，annotateBed，……）。

bedtools功能强大，支持的文件格式也非常多：BED、BEDPE、GFF、SAM、BAM、VCF、……。

值得称赞的是，开发者为bedtools撰写了一份详尽而清晰的使用手册，包括文件格式的介绍、每个工具的参数说明、使用实例等。这份手册可以在其主页上下载。

  • 资源

官网主页
下载（含手册）
简单使用
进阶使用

  • 备注

使用简单，手册详尽，功能强大。强烈推荐！