Time For Science: UNIX tools and other lab tools

Time For Science是一套工具包,主要包括两部分内容:(通过Perl实现的)增强型的Unix系统工具,以及常用生物信息学工具的汇总。除此以外,还有一些Unix的配置文件、绘图的R脚本等。

下面简单介绍其中的几个小工具(详细介绍请点击文末的工具介绍链接):

  • trash.pl

类似于rm,但比rm更安全:它会把文件删除至默认的回收站中,而不是直接删除。

  • tree_of_filestructure.sh

显示目录树,完美支持中文!(不过好像只会现实到最底层的目录,而不会显示最低层目录下的文件。)

  • cut.pl

增强型的cut:可以在输出中对列进行重排。

  • sheet.pl

对于以制表符分隔的文件来说,相当于增强型的less -S。

  • join.pl

增强型的join:不需要对文件进行排序;
只能处理两个文件。

  • join_multi.pl

可以同时处理多个文件。

  • select.pl

通过正则表达式来提取行。

  • transpose.pl

矩阵转置!

  • flatten.pl

输入:
Alpha   Beta   Gamma  Delta  Beta
输出:
Alpha Beta
Alpha Gamma
Alpha Delta
Alpha Beta

  • expand.pl

输入:
Alpha Beta
Alpha Gamma
Alpha Delta
Delta Gamma
Omega Delta
输出:
Alpha Beta Gamma Delta
Delta Gamma
Omega Delta

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