FASTQ格式不同质量的互转

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  1. 代码

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    #!/usr/bin/perl
use Bio::SeqIO::fastq;
 
my $in = Bio::SeqIO->new(
 -format  => 'fastq',
 -variant => 'illumina',
 
 #-variant => 'solexa',
 -file => 'in.fq'
);
 
my $out = Bio::SeqIO->new(
 -format  => 'fastq',
 -variant => 'sanger',
 -file    => '>out.fq'
);
 
while ( my $seq = $in->next_seq ) {
 $out->write_seq($seq);
}

  2. 注释

    3. 第2行——使用Bio::SeqIO::fastq模块；
    第5行——指定输入文件的格式为FASTQ；
    第6~8行——指定输入文件FASTQ中的质量标准；
    第9行——指定输入文件的名称；
    第13行——指定输出文件的格式为FASTQ；
    第14行——指定输出文件FASTQ中的质量标准；
    第15行——指定输出文件的名称；

  3. FASTQ的质量变体

    • sanger: original; ASCII encoding from 33-126, PHRED quality score from 0 to 93
    • solexa: Solexa, Inc. (2004), aka Illumina 1.0; ASCII encoding from 59-104, SOLEXA quality score from -5 to 40
    • illumina: Illumina 1.3; ASCII encoding from 64-104, PHRED quality score from 0 to 40

  4. 注意

    5. Variants can be converted back and forth from one another; however, due to the difference in scaling for solexa quality reads, converting from ‘illumina’ or ‘sanger’ FASTQ to solexa is not recommended.

  5. 扩展阅读

    6. Bio::SeqIO::fastq（CPAN）