测序质量分析统计工具

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  1. FASTX-Toolkit

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    常用程序：fastx_quality_stats；fastq_quality_boxplot_graph.sh；fastx_nucleotide_distribution_graph.sh
    程序说明：顾名思义
    备注：易用，推荐；帮助文件简明易懂

  2. SolexaQA

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    程序：SolexaQA.pl
    备注：易用，推荐；帮助文件清晰

  3. Picard

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    常用程序：FastqToSam.jar；MeanQualityByCycle.jar；QualityScoreDistribution.jar；CollectGcBiasMetrics.jar；CollectInsertSizeMetrics.jar
    备注：一般；帮助文件一般一般

  4. FastQC

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    手册
    示例：
    good_sequence_short_fastqc
    bad_sequence_fastqc
    备注：功能多，直观简便；貌似不错

  5. PRINSEQ (PReprocessing and INformation of SEQuences)

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    在线
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    FAQ
    手册
    备注：使用在线版对样本数据进行了测试，很好很强大！不过上传自己的数据绝对是个大问题！单机命令行版的，只能给出统计数据、无法直接输出统计图，而且非常耗系统资源；单机网页版的，没安装测试……