Whitesides, G. M. 2004. Whitesidesʼ Group: Writing a Paper. Advanced Materials 16, no. 15 (August 4): 1375-1377. doi:10.1002/adma.200400767. http://doi.wiley.com/10.1002/adma.200400767.
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【PDF+PPT下载】哈佛大学教授教你写科研（技）论文
Whitesides Group: Writing a Paper
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Whitesides Group: Writing a Paper
George M. Whitesides
Department of Chemistry and Chemical Biology, Harvard University, Cambridge, MA 02138, USA
（2009年）前两天在苏州参加第七届国际生物信息学研讨会（The 7th International Bioinformatics Workshop）的时候，有幸与苏州大学的一位艺术学家进行了交流，虽然只有短短几分钟的交谈，却受益匪浅。
那天早晨，吃早餐（自助餐）选饭菜的时候，听见一位先生和一位同学在谈论生物学的问题。为了听听他们的讨论，我端着饭菜坐在了他们的旁边。奇怪的是，那位先生一直问一些“幼稚而且简单”的问题，看样子他不是学生物的。后来，当他问道“线粒体是什么东西”时，那位同学顿住了，估计是在想该怎么向他解释这么复杂的一个细胞器；此时，我借机插了一句“细胞中的线粒体就相当于人体中的心脏”。也许是我的类比过于“贴切”了，那位同学的第一反应就是“你怎么想到（这个类比）的？”这一句不经意的“插足”，使那位先生的注意力转移到了我的身上。简短的自我介绍之后，我才知道，原来他是苏州大学的一位艺术学家。接下来，这位艺术学家的“矛头”便指向了我；问了我好多问题，其中最主要也最有代表性的是下面两个：
2009-6-13至2009-6-21的苏州之行结束了；虽然没有学到多少东西，但也有不少收获。简要记录一下，与同行们分享。
前五天（14-18）以龙星计划的“生物信息学”课程为主，由来自美国University of Illinois at Chicago的梁杰教授主讲。可能是粱老师自己以研究蛋白质结构为主，整个课程超过三分之二的时间都是蛋白质结构的内容；至于生物信息学中其他的内容，除了序列比对占据剩余的时间外，其他如数据库、进化分析等基本上未提及。而且，原本计划五天的课程，只用了不到三天的时间就全部讲授完了。总体来说，课程内容广而不深、泛而不精，收获不是很大。当然，也不是没有收获——利用充足的课余时间，好好享受了一下苏州古城的秀丽、幽雅，欣赏了一番相映生辉的美女与美景；可惜天气比较闷热，有点扫兴。
后三天（19-21）以第七届国际生物信息学研讨会（The 7th International Bioinformatics Workshop）为主，会议邀请到了国内外著名的生物信息学研究专家，包括郝柏林（院士）、陈润生（院士）、龙漫远、徐鹰、刘小乐、王伟、李程、李蔚、于军、李亦学、梁杰、张阳、韩敬东、蒋华良、沈百荣等人。由于会议安排过于紧凑、会场太小，再加上空调太小、天气闷热，整个会议的效果不是很理想。不过在报告过程中，时不时地会看到有思想火花在闪烁，而且气氛相当活跃，特别是第一天晚上的座谈会，更是异常得“火爆”。总体看来，这次会议还是比较成功的。
会议中每个人的报告内容已经记不太清了；不过，某些演讲者的讲话却给了我很大的感触。下面便以演讲者为单位分享一下这些科研大家睿智的思想：
输入文件（cs_010.data）：……【阅读全文】
对长100bp的目标区域进行捕获测序：采用单端测序，每个read长5bp；总共得到了200个reads；把所有的reads比对到目标区域后，100bp的目标区域中有98bp的位置至少有1个read覆盖到，换言之，剩余的2bp没有1个read覆盖。……【阅读全文】
DNA是两条链按相反的方向排列的，基因是其中的一部分。基因也就是蛋白质的合成图，是在DNA链上具有意义的碱基序列。……【阅读全文】
单机版Blat的匹配结果中没有percent identity（网络版的Blat输出结果中有）。为了筛选输出结果，常常需要计算每个匹配的percent identity；UCSC的Blat—FAQ中虽然给出了相应的解决办法（http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQblat#blat4），但其代码是用C写的，不利于使用Perl的生物信息学工作人员调用。此处给出相应的perl代码，如下所示（非原创，版权归原作者所有）：
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通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变，同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(deep sequencing)。 高通量测序平台的代表是罗氏公司(Roche)的454测序仪(Roch GS FLX sequencer)，Illumina公司的Solexa基因组分析仪(Illumina Genome Analyzer)和ABI的SOLiD测序仪(ABI SOLiD se-quencer)。 2008年4月Helico BioScience公司的Timothy等人在Science上报道了他们开发的真正的单分子测序技术，并利用该技术对一个M13病毒基因组进行重测序。 这项技术之所以被称为真正的单分子测序，是因为它完全跨过了上述3种高通量测序依赖的基于PCR扩增的信号放大过程，真正达到了读取单个荧光分子的能力，向1000美元测定一个人类基因组的目标迈出了一大步。
这些平台共同的特点是极高的测序通量，相对于传统测序的96道毛细管测序，高通量测序一次实验可以读取40万到400万条序列。 读取长度根据平台不同从25碱基到450碱基，不同的测序平台在一次实验中，可以读取1G到14G不等的碱基数，这样庞大的测序能力是传统测序仪所不能比拟的。
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EMBOSS 是”The European Molecular Biology Open Software Suite”的缩写，是一个开放源代码的序列分析软件包，它是一组为分子生物学家所设计的公开且免费软件。该软件能够自动识别处理以不同格式存储的数据， 甚至可以通过互联网提取数据，此外同软件包一同提供的还包括大量的程序库，软件包整合了 100多个的序列分析程序，可以满足一般实验室的各种各样的序列分析要求。并且，因为该软件包同时提供了一个扩展库，它也是允许其他科学家依据自由软件精神编制、发布软件的一个平台。EMBOSS 同时将现在可以得到的一系列序列分析工具整合成一个无缝的整体。EMBOSS遵照GPL协议，打破了向商业软件包发展的传统模式。……【阅读全文】
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