5月 04

与艺术学家谈生物信息学

Posted on by

（2009年）前两天在苏州参加第七届国际生物信息学研讨会（The 7th International Bioinformatics Workshop）的时候，有幸与苏州大学的一位艺术学家进行了交流，虽然只有短短几分钟的交谈，却受益匪浅。

那天早晨，吃早餐（自助餐）选饭菜的时候，听见一位先生和一位同学在谈论生物学的问题。为了听听他们的讨论，我端着饭菜坐在了他们的旁边。奇怪的是，那位先生一直问一些“幼稚而且简单”的问题，看样子他不是学生物的。后来，当他问道“线粒体是什么东西”时，那位同学顿住了，估计是在想该怎么向他解释这么复杂的一个细胞器；此时，我借机插了一句“细胞中的线粒体就相当于人体中的心脏”。也许是我的类比过于“贴切”了，那位同学的第一反应就是“你怎么想到（这个类比）的？”这一句不经意的“插足”，使那位先生的注意力转移到了我的身上。简短的自我介绍之后，我才知道，原来他是苏州大学的一位艺术学家。接下来，这位艺术学家的“矛头”便指向了我；问了我好多问题，其中最主要也最有代表性的是下面两个：

Continue reading →

5月 04

漫步苏州古城 畅谈国际龙星——简记2009年龙星计划苏州之行

Posted on by

2009-6-13至2009-6-21的苏州之行结束了；虽然没有学到多少东西，但也有不少收获。简要记录一下，与同行们分享。

前五天（14-18）以龙星计划的“生物信息学”课程为主，由来自美国University of Illinois at Chicago的梁杰教授主讲。可能是粱老师自己以研究蛋白质结构为主，整个课程超过三分之二的时间都是蛋白质结构的内容；至于生物信息学中其他的内容，除了序列比对占据剩余的时间外，其他如数据库、进化分析等基本上未提及。而且，原本计划五天的课程，只用了不到三天的时间就全部讲授完了。总体来说，课程内容广而不深、泛而不精，收获不是很大。当然，也不是没有收获——利用充足的课余时间，好好享受了一下苏州古城的秀丽、幽雅，欣赏了一番相映生辉的美女与美景；可惜天气比较闷热，有点扫兴。

后三天（19-21）以第七届国际生物信息学研讨会（The 7th International Bioinformatics Workshop）为主，会议邀请到了国内外著名的生物信息学研究专家，包括郝柏林（院士）、陈润生（院士）、龙漫远、徐鹰、刘小乐、王伟、李程、李蔚、于军、李亦学、梁杰、张阳、韩敬东、蒋华良、沈百荣等人。由于会议安排过于紧凑、会场太小，再加上空调太小、天气闷热，整个会议的效果不是很理想。不过在报告过程中，时不时地会看到有思想火花在闪烁，而且气氛相当活跃，特别是第一天晚上的座谈会，更是异常得“火爆”。总体看来，这次会议还是比较成功的。

会议中每个人的报告内容已经记不太清了；不过，某些演讲者的讲话却给了我很大的感触。下面便以演讲者为单位分享一下这些科研大家睿智的思想：

Continue reading →

4月 28

第二代测序中的深度（depth）与覆盖度（coverage）

Posted on by

  • 假想实验

对长100bp的目标区域进行捕获测序：采用单端测序，每个read长5bp；总共得到了200个reads；把所有的reads比对到目标区域后，100bp的目标区域中有98bp的位置至少有1个read覆盖到，换言之，剩余的2bp没有1个read覆盖。……【阅读全文】