单机版Blat的匹配结果中没有percent identity(网络版的Blat输出结果中有)。为了筛选输出结果,常常需要计算每个匹配的percent identity;UCSC的Blat—FAQ中虽然给出了相应的解决办法(http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQblat#blat4),但其代码是用C写的,不利于使用Perl的生物信息学工作人员调用。此处给出相应的perl代码,如下所示(非原创,版权归原作者所有):
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【转载】深度测序技术
通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变,一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变,同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称为深度测序(deep sequencing)。 高通量测序平台的代表是罗氏公司(Roche)的454测序仪(Roch GS FLX sequencer),Illumina公司的Solexa基因组分析仪(Illumina Genome Analyzer)和ABI的SOLiD测序仪(ABI SOLiD se-quencer)。 2008年4月Helico BioScience公司的Timothy等人在Science上报道了他们开发的真正的单分子测序技术,并利用该技术对一个M13病毒基因组进行重测序。 这项技术之所以被称为真正的单分子测序,是因为它完全跨过了上述3种高通量测序依赖的基于PCR扩增的信号放大过程,真正达到了读取单个荧光分子的能力,向1000美元测定一个人类基因组的目标迈出了一大步。
这些平台共同的特点是极高的测序通量,相对于传统测序的96道毛细管测序,高通量测序一次实验可以读取40万到400万条序列。 读取长度根据平台不同从25碱基到450碱基,不同的测序平台在一次实验中,可以读取1G到14G不等的碱基数,这样庞大的测序能力是传统测序仪所不能比拟的。
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一山不容二虎 即使一公一母
此处略去999言9999语!
……【阅读全文】基因组工具套件——EMBOSS
EMBOSS 是”The European Molecular Biology Open Software Suite”的缩写,是一个开放源代码的序列分析软件包,它是一组为分子生物学家所设计的公开且免费软件。该软件能够自动识别处理以不同格式存储的数据, 甚至可以通过互联网提取数据,此外同软件包一同提供的还包括大量的程序库,软件包整合了 100多个的序列分析程序,可以满足一般实验室的各种各样的序列分析要求。并且,因为该软件包同时提供了一个扩展库,它也是允许其他科学家依据自由软件精神编制、发布软件的一个平台。EMBOSS 同时将现在可以得到的一系列序列分析工具整合成一个无缝的整体。EMBOSS遵照GPL协议,打破了向商业软件包发展的传统模式。……【阅读全文】
Perl中列表与数组的区别
列表是标量的集合,数组是存储列表的变量。更精确的说,列表指的是数据,而数组指的是变量。列表的值不一定放在数组里,但每一个数组变量都一定包含一个列表(即使列表可能是空的)。……【阅读全文】
在Windows中高效处理文本数据
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GNU utilities for Win32
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CoreUtils for Windows
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Time For Science中的部分PELR2EXE
Here are some ports of common GNU utilities to native Win32. In this context, native means the executables do only depend on the Microsoft C-runtime (msvcrt.dll) and not an emulation layer like that provided by Cygwin tools.
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The GNU Core Utilities are the basic file, shell and text manipulation utilities of the GNU operating system. These are the core utilities which are expected to exist on every operating system.
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下载:EXE;BIN
【荐书】《疯狂实验史》
书名: 《疯狂实验史》
作者: (瑞士)施奈德 著,许阳 译
出版社: 生活.读书.新知三联书店
出版时间: 2009-10-1
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作者简介
雷 托·U·施奈德(Reto U Schneider),1963年出生,获电气工程硕士学位后入灵吉尔新闻学校学习,以科学方向通讯员身份供职于瑞士及德国媒体。现为《新苏黎世报》的期 刊编辑,同时在该报开辟专栏“实验”,其文章屡获殊荣。著书《行星猎人》(比尔克怀泽出版社,1997年),讲述太阳系外首颗行星的发现。……【阅读全文】
【转载】编程与女人(四则)
之一
程序员就像男人,语言就像女人,每个男人都想要很多女人,却很少有男人能真正了解一个女人。
之二
男人都像Python,总喜欢更美的(Beautiful is better than ugly);
又想遇到像Perl一样的女人,因为有多种方式可以用(There is more than one way to do it)。
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【转载】操作系统与女人
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Windows
从XP年代到VISTA再到WIN 7,始终没什么变化,还是一样的开始菜单,一样的任务栏,一样的好用,当然,界面也确实变得越来越漂亮了。这就好像是走在大街上的MM一样:一样的长发飘 飘,一样牛仔裤加白布鞋,一样的大黑框眼镜。个个都顺眼,都似乎个个样子都差不多,非常的大众化没特色。
和以往一样,Windows还是能通吃所有的游戏,能吃所有的软件,就好像这些长发MM一样平易近人,当然,也和这些MM一样,可是要最低399才能勉强拿到家庭基础版的,如果你想深入了解嘛,麻烦掏钱。
Windows总是会无端端地神掉,无端端中毒,就好像MM会无端端发小脾气一样,难以理解。……【阅读全文】
回首已是廿年身 人间正道多沧桑——Linux20周年庆
庆祝 Linux 20 周岁(Wow!Ubuntu)
Linux风雨20年,道路是沧桑 (笨兔兔,图文并茂)
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庆祝 Linux 20 周岁
20 年前的这个夏天,你牛死.脱袜子 (Linus Torvalds) 勇敢的决定向全世界共享他编写的操作系统,不久之后,他又选择了 GPL 协议作为发布许可证。也就是从此开始, Linux 逐渐壮大,从而有了今天的成就。
目前,Linux 已经深入到我们生活中的方方面面,存在于你的手机中、ATM 机中、你的桌面、电影中、你的汽车中等等许许多多的地方及领域内,可以说是无处不在。之前 Linux 基金会执行董事 Jim Zemlin 就表示,在 Linus Torvalds 开发 Linux 操作系统内核 20 年之后,微软和 Linux 之间的斗争已经结束,Linux 取得了胜利。
除了桌面外,Linux 在几乎所有市场都取得了压倒性胜利,包括服务器端和移动计算。Zemlin 宣称,现在已经无需再关注微软了,它曾经是主要竞争对手,但现在和它竞争就好像是踢小狗。从 Android 和亚马逊的 Kindle,到嵌入式设备和消费电子产品,到全球最大网站和超级计算机,Linux 几乎占领了所有计算类别,除了桌面。
而在 Linux 诞生 20 周年到来之际,Linux 基金会发文宣布举行 Linux 20 周岁庆祝活动计划,同时作为 Linux 用户的你也可以参与其中,比如可以提交 1 分钟的庆祝视频,录制你的音频消息,述说你与 Linux 的故事等等。
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