第二代测序中的深度(depth)与覆盖度(coverage)

  • 假想实验

对长100bp的目标区域进行捕获测序:采用单端测序,每个read长5bp;总共得到了200个reads;把所有的reads比对到目标区域后,100bp的目标区域中有98bp的位置至少有1个read覆盖到,换言之,剩余的2bp没有1个read覆盖。

  • 深度(depth)

200 x 5 / 100 = 10

我们说这此测序的深度为10X。

  • 覆盖度(coverage)

98 / 100 × 100% = 98%

我们说这次测序的覆盖度为98%。

  • 备注

就此问题,我曾经请教过一些人(包括技术人员、老师、同学),其中有和我理解相同的,也有和我理解相反的,也有人认为两者是同一个东西,没有什么区别。所以,不要被我所“误导”奥!