4月 05

在R中绘制韦恩图的几种方法

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  • 使用limma包

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#安装limma包
#source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
#biocLite("limma")
 
#载入limma包
library(limma)
hsb2 《- read.table("http://www.ats.ucla.edu/stat/R/notes/hsb2.csv", sep=',', header=T)
attach(hsb2)
hw 《- (write《=60)
hm 《- (math 《=60)
hr 《- (read 《=60)
c3 《- cbind(hw, hm, hr)
a 《- vennCounts(c3)
vennDiagram(a, include = "both", names = c("High Writing", "High Math", "High Reading"), cex = 1, counts.col = "red")

  • 使用gplots包

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#安装gplots包
#install.packages("gplots")
 
#载入gplots包
library(gplots)
oneName 《- function() paste(sample(LETTERS,5,replace=TRUE),collapse="")
geneNames 《- replicate(1000, oneName())
GroupA 《- sample(geneNames, 400, replace=FALSE)
GroupB 《- sample(geneNames, 750, replace=FALSE)
GroupC 《- sample(geneNames, 250, replace=FALSE)
GroupD 《- sample(geneNames, 300, replace=FALSE)
input  《-list(GroupA,GroupB,GroupC,GroupD)
venn(input)

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4月 05

两个悲壮凄凉的动画主题曲

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风姿花传

  • 基本信息

日本动画《三国志》（全长6-7小时）主题曲
作词：谷村新司
作曲：谷村新司
演唱：谷村新司

注意：虽然视频和歌曲很配，但它并非《三国志》动画原作，而（貌似）是由《真三国无双》游戏中的过场动画剪辑而成。

  • 歌词

风は叫ぶ 人の世の哀しみを 风儿呀在呜咽，道不尽世间忧愁哀怨。
星に抱かれた 静寂の中で 无垠的朗朗星空，静静把它拥入怀抱中。
胸を开けば 燃ゆる血潮の赫 敞开了你我胸怀，熊熊燃烧热血满腔。
共に混ざりて 大いなる流れに 齐聚首不分彼此，汇成滔滔冲天巨浪！
人は梦见る　ゆえにはかなく 人生啊总有梦想，终成为一片梦幻。
人は梦见る　ゆえに生きるもの 人生啊总有梦想，从此会长留世间。
呜呼 呜呼 谁も知らない 啊…，啊…，不知何人能知晓？
呜呼 呜呼 明日散る花さえも 啊…，啊…，明日落花你可会知道？
固い契り 烂漫の花の下 生死约歃血立，繁花下誓言谁会忘记？
月を饮み甘す 宴の杯 杯中酒一醉方休，月下举盏手足情长留。
君は帰らず 残されて伫めば 君未归何时才归？孤独伫立长相守候。
肩にあの子の 誓いの花吹雪 忆当年许下诺言，雪如桃花飘落肩头。
人は信じて　そして破れて 忠信啊此生不渝，叹最后无法成功。
人は信じて　そして生きるもの 忠信啊此生不渝，千百年永远传颂。
呜呼 呜呼 谁も知らない 啊…，啊…，不知何人能知晓？
呜呼 呜呼 明日散る花さえも 啊…，啊…，明日落花你可会知道？
国は破れて 城も破れて 故国啊早已破灭，故城也早已破碎。
草き枯れても 风は鸣き渡る 枯草啊遍布荒野，风掠过向远方吹。
呜呼 呜呼 谁も知らない 啊…，啊…，不知何人能知晓？
呜呼 呜呼 风のその姿を 啊…，啊…，那英姿在风中萦绕。
呜呼 呜呼　花が伝える 啊…，啊…，桃花传来旧歌谣，
呜呼 呜呼 风のその姿を 啊…，啊…，那英姿在风中萦绕！
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3月 23

[荐]两个系统学习LaTeX的资料

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PS1：两者都提供PDF电子书下载奥！
PS2：对于第二本书的网站，查看其上层链接会有更多惊喜！……【阅读全文】

3月 16

命令行中复制移动时显示进度条

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“世间最痛苦的事莫过于等待”，相信使用过Shell中cp或者mv命令操作大文件的朋友们都有这种感慨。要是能显示复制或者移动的进度，把无尽的等待变成有限的期待，那该多好呀！其实，确实有显示进度条的方法，而且方法还不止一种：

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wget http://ftp.gnu.org/gnu/coreutils/coreutils-8.4.tar.gz
tar xvzf coreutils-8.4.tar.gz
cd coreutils-8.4/
wget http://beatex.org/web/advcopy/advcpmv-0.3-8.4.patch
patch -p1 -i advcpmv-0.3-8.4.patch
./configure
make
sudo cp src/cp /usr/local/bin/cpg
sudo cp src/mv /usr/local/bin/mvg
 
#vim ~/.bashrc
alias cpg="/usr/local/bin/cpg -g"
alias mvg="/usr/local/bin/mvg -g"

PS: An update is scheduled to be released in just three weeks, on March 24, 2012
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3月 16

双系统安装与使用策略

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如果你有至少两台电脑，比如：一台在家里用于娱乐，一台在公司用于工作，那安装与使用双系统最简单的方案就是在其中一台电脑上安装Windows，在另一台电脑上安装Linux。但如果手头只有一台电脑，又想体验或者需要使用双系统，那该怎么办呢？据我所知，至少有以下四种解决方案：……【阅读全文】

3月 16

监测网络流量的工具

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实时监测工具（直观易用）

  • slurm

安装：sudo apt-get install slurm
使用：slurm -i eth0

  • nload

安装：sudo apt-get install nload
使用：nload

  • iftop

安装：sudo apt-get install iftop
使用：sudo iftop

  • bmon

安装：sudo apt-get install bmon
使用：bmon

  • dstat

安装：sudo apt-get install dstat
使用：dstat

  • nethogs

安装：sudo apt-get install nethogs
使用：sudo nethogs

  • ifstat

安装：sudo apt-get install ifstat
使用：ifstat

  • iptraf

安装：sudo apt-get install iptraf
使用：sudo iptraf
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3月 16

Bioinformatics Links Directory

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The Bioinformatics Links Directory features curated links to molecular resources, tools and databases. The links listed in this directory are selected on the basis of recommendations from bioinformatics experts in the field. We also rely on input from our community of bioinformatics users for suggestions. Starting in 2003, we have also started listing all links contained in the NAR Webserver issue.……【阅读全文】