本周，在为本科生设计生物信息学实验的时候，突发奇想，想要利用Galaxy工具计算一下人类基因组的常识性信息，如：每条染色体上的基因密度，外显子、内含子等特征（feature）的平均长度，SNP在UTR、编码区、内含子等不同特征区域的密度。
系统平台：Linux（Ubuntu 12.04，AMD64）。
UCSC Table：下载基因组数据至本地。
Galaxy：用于在线处理基因组数据。
BEDTools（v2.16.2）：用于本地处理基因组数据
R（v2.15.1）：绘制图表。
其他：Vim（v7.3.429）。
human genome：hg19
dbSNP：135
The Bioinformatics Links Directory features curated links to molecular resources, tools and databases. The links listed in this directory are selected on the basis of recommendations from bioinformatics experts in the field. We also rely on input from our community of bioinformatics users for suggestions. Starting in 2003, we have also started listing all links contained in the NAR Webserver issue.……【阅读全文】
University of Alberta的Stothard Research Group主页上有一些很好的生物信息学程序和脚本，如：……【阅读全文】
9f94b005104cf124d4a57ead7fbc1dfd000……【阅读全文】
终端中输入：……【阅读全文】
程序员就像男人，语言就像女人，每个男人都想要很多女人，却很少有男人能真正了解一个女人。
男人都像Python，总喜欢更美的（Beautiful is better than ugly）；
又想遇到像Perl一样的女人，因为有多种方式可以用（There is more than one way to do it）。
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1 2 3 4 5 6 | n=50000; r=0.7;r_e=(1-r*r)^.5; X=rnorm(n); Y=X*r+r_e*rnorm(n); Y=ifelse(X>0,Y,-Y); plot(X,Y,col="pink") |
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