4月 05

在R中绘制韦恩图的几种方法

  • 使用limma包

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#安装limma包
#source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
#biocLite("limma")
 
#载入limma包
library(limma)
hsb2 《- read.table("http://www.ats.ucla.edu/stat/R/notes/hsb2.csv", sep=',', header=T)
attach(hsb2)
hw 《- (write=60)
hm 《- (math 《=60)
hr 《- (read=60)
c3 《- cbind(hw, hm, hr)
a 《- vennCounts(c3)
vennDiagram(a, include = "both", names = c("High Writing", "High Math", "High Reading"), cex = 1, counts.col = "red")
  • 使用gplots包

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#安装gplots包
#install.packages("gplots")
 
#载入gplots包
library(gplots)
oneName 《- function() paste(sample(LETTERS,5,replace=TRUE),collapse="")
geneNames 《- replicate(1000, oneName())
GroupA 《- sample(geneNames, 400, replace=FALSE)
GroupB 《- sample(geneNames, 750, replace=FALSE)
GroupC 《- sample(geneNames, 250, replace=FALSE)
GroupD 《- sample(geneNames, 300, replace=FALSE)
input-list(GroupA,GroupB,GroupC,GroupD)
venn(input)

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5月 30

使用Perl绘制统计图

注意:请将代码中的“》”(中文全角)全部替换为“>”(英文半角)。

  • Bar

代码:

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#!/use/bin/perl
 
use SVG::TT::Graph::Bar;
 
my @fields        = qw(Jan Feb Mar);
my @data_sales_02 = qw(12 45 21);
 
my $graph = SVG::TT::Graph::Bar-new(
  {
      'height' ='500',
      'width'  ='300',
      'fields' =@fields,
  }
);
 
$graph-》add_data(
  {
      'data'  =@data_sales_02,
      'title' ='Sales 2002',
  }
);
 
open( my $fh, '》', "bar.svg" );
select $fh;
binmode $fh;
print $graph-》burn();
close($fh);

输出:
bar
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3月 30

绘制图形的DOT语言简介

  1. DOT语言简介(摘抄自维基百科)

  2. DOT语言是一种文本图形描述语言。它提供了一种简单的描述图形的方法,并且可以为人类和计算机程序所理解。DOT语言文件通常是具有.gv或是.dot的文件扩展名。

    很多程序都可以处理DOT文件。其中的一些,例如dot,neato,twopi,circo, fdp与sfdp,会读取DOT文件并将之渲染成为图形格式。其它的一些,比如gvpr,gc,accyclic,ccomps,sccmap和tred,可以读取DOT文件并对它代表的图形进行一些处理。类似于GVedit,lefty,dotty和grappa则提供了交互式的界面。以上程序大部分都包括在了Graphviz软件包中。
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