一个很好的Manuals网站,主要针对生物信息学的研究人员,包括R、Bioconductor、NGS、EMBOSS、Linux等软件和系统的手册。如:
R Basics Manual
Programming in R
Clustering in R
BioConductor Manual
NGS Analysis with R/Bioconductor
Linux Essentials……【阅读全文】
Category Archives: 电脑编程
[推荐]Cheat Sheets大全
devcheatsheet(Cheat sheets for developers)收录了各种各样的编程语言或软件操作的备忘录文件,每个文件都是经过经整理去芜存菁而成,让你在遗忘或想学习某个编程语言语法、软件快捷键以及各种编程语言的参数时,可以快速检索、恢复记忆的好工具。 大部分的CheatSheets都有图片格式或PDF格式供下载,只有少部分是在线格式。……【阅读全文】
在Linux和Windows平台下查找两列数据中不重复的记录
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在Linux中使用Shell查找两列数据中不重复的记录[简便、高效;推荐!]
现有两个文件first.txt和second.txt,内容分别如下:
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 | cat first.txt 赵 钱 孙 周 郑 王 cat second.txt 钱 赵 孙 孙 李 吴 |
首先进行预处理,如下:
1 2 | sort first.txt | uniq >first_sort_uniq.txt sort second.txt | uniq >second_sort_uniq.txt |
用Devel::SmallProf测量Perl函数的执行时间
资料来源
用Devel::SmallProf测量Perl函数的执行时间
perl 的调试和性能测试
Perl 问题之万能指南
Devel::SmallProf是个很好用的模块,可以方便地测量出代码每一行的执行时间,以便进一步优化。
例如以下程序,文件名为test.pl。
1 2 3 4 5 6 7 | #!/usr/bin/perl my $str = "0"; for ( my $i = 0 ; $i < 100 ; $i++ ) { $str =~ s/d+/($&+1)/e; print $str. "n"; } |
该程序的功能是输出整数 1 到 100。当然实际写程序时可不要用这么低效率的方法。
安装 Devel::SmallProf 之后我们来测量一下它每一行代码的执行时间。
1 | perl -d:SmallProf test.pl |
执行之后会在当前目录下生成一个 smallprof.out 文件,其内容如下:
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[转载]如果编程语言是汽车
资料来源:
If programming languages were cars…
如果编程语言是汽车……
Ada 是一种异常神勇永远不会损坏的坦克。如果你跟别人说你驾驶 的是Ada 他们会笑疯的,但是,说真的,你愿意在战场上开跑车吗?
汇编语言 仅仅是一台引擎。你需要自己搭建汽车,并且在行驶过程中手动注入燃料,不过如果你足够小心的话,它可以跑得像脱缰野马一般快。
Basic 这种汽车用来开到附近的商店去购物还不错.Basic曾经在学习驾驶的人中很流行。但是最近被剥得只剩皮,被一个主要生产者重新设计,新版本可以胜任长途旅行,与旧版本之间只有外表上比较像,但其余部分都已经改变了
C 快得难以置信但是每五十分钟坏一次的跑车。
Cobol 是个有名气的汽车,但是任何尊重自己的驾驶员都不承认曾经驾驶过。
C# 家用旅行车的有力竞争者。一旦你用这种汽车,就不能用它的竞争对手的汽车了。
C++ 是C跑车的加强马力版,比C多了几十个额外特性。每250英里损坏一次,问题是损坏的时候谁都找不到问题在哪。
皮皮书屋——一个优秀的电子书分享网站
多姿多彩的HelloWorld
资料来源(视频【翻墙】):Hello Worlds – Linux – Different Languages
以下分别是C, C++, Python, Perl, Java, HTML/Javascript, Haskell, and Shell (plus R)的“Hello Wolrd”实现。
注:html和Javascript的显示有问题。所有的代码可以下载helloworld。
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C
touch hello.c
vim hello.c
1 2 3 4 5 6 7 | #include int main() { printf("Hello, World!n"); return 0; } |
gcc hello.c -o hello-C
./hello-C
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对FASTA格式的简单处理与统计
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缘起
模仿lh3开发的网页版工具SeqTools
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功能
1.格式化FASTA文件。
2.反向互补FASTA序列。
3.获取FASTA序列的长度。
4.计算GC含量并对ATGC计数。
5.搜索模式(子序列、motif等)。
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使用Perl绘制统计图
注意:请将代码中的“》”(中文全角)全部替换为“>”(英文半角)。
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Bar
代码:
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 | #!/use/bin/perl use SVG::TT::Graph::Bar; my @fields = qw(Jan Feb Mar); my @data_sales_02 = qw(12 45 21); my $graph = SVG::TT::Graph::Bar-》new( { 'height' =》 '500', 'width' =》 '300', 'fields' =》 @fields, } ); $graph-》add_data( { 'data' =》 @data_sales_02, 'title' =》 'Sales 2002', } ); open( my $fh, '》', "bar.svg" ); select $fh; binmode $fh; print $graph-》burn(); close($fh); |
输出:
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查找删除重复文件的Perl脚本
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注意
此程序未经广泛测试,请谨慎使用。……【阅读全文】