3月 09

Time For Science: UNIX tools and other lab tools

Time For Science是一套工具包,主要包括两部分内容:(通过Perl实现的)增强型的Unix系统工具,以及常用生物信息学工具的汇总。除此以外,还有一些Unix的配置文件、绘图的R脚本等。

下面简单介绍其中的几个小工具(详细介绍请点击文末的工具介绍链接):

  • trash.pl

类似于rm,但比rm更安全:它会把文件删除至默认的回收站中,而不是直接删除。

  • tree_of_filestructure.sh

显示目录树,完美支持中文!(不过好像只会现实到最底层的目录,而不会显示最低层目录下的文件。)

  • cut.pl

增强型的cut:可以在输出中对列进行重排。
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1月 18

《Perl语言入门》(第五版,中文版)勘误

说明:此勘误表最早由Jeova Sanctus Unus发表在perlchina邮件列表中。经作者同意,现整理后转发于此。

P128 习题1 “如果输入某一行包含字符串 fred”中的”fred“应为“Fred”
P128 习题2 “接受fred”,”输入的字符串是fred”,两处中的”fred”均应为”Fred”
P128 习题4 “而不输出含有Fred” 中的”Fred“应为 “fred”
P132 正文倒数第2行 “/bFredb/” 应为 “/bfredb/(即F应该小写)
P135 第8行 “如果$what的值为fred(barney)”多了”)”
P144 注26 模块的名字应该是YAPE::Regex::Explain(即Regexp改为Regex)
P145 习题2 “Mrs._Wilma_Flintsone”应为”Mrs. Wilma Flintstone”
P158 第3段 “对大程序来说无关轻重“多了个”大“
P180 习题1 “Too hight”多了个”t”
P236 第15章 智能匹配操作符已经不符合交换律了!
如:
P236 表15-1 “@a~~123” 应为 “123~~@a”
P236 表15-1 “@a~~ ‘Fred’” 应为 “‘Fred~~@a”
详细说明请参看perlsyn中的”Smart matching in detail”部分。
P274 习题2 “[ $_ ? 1]”中的”?”应为”-”……【阅读全文】

1月 03

Perl语言简介

Perl(Practical Extraction and Report Language,实用摘录与报表语言;或,Pathologically Eclectic Rubbish Lister,病态折中式垃圾列表器)是一种高级、通用、直译式、动态的程序语言。它是由拉里·沃尔(Larry Wall)在借鉴C、sed、awk、shell以及很多其他编程语言特性的基础上设计实现的。Perl最重要的特性在于它内部集成了正则表达式的功能,以及巨大的第三方代码库CPAN(Comprehensive Perl Archive Network,Per综合典藏网)。

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