10月 13

LaTeX文档的自动编译与实时预览

管理LaTeX源代码文档,最开始的时候,我是在终端中手动输入编译命令,每次都需要输入好几次命令才能得到最终的文档。之后,为了简化操作,自习了Makefile,使用make来编译、预览LaTeX文档,效率大大提高,但每次都要适当修改Makefile,仍有一定的繁琐。今天,偶然发现一个编译、预览LaTeX文档的利器——latexmk,强烈推荐给使用LaTeX制作文档的朋友们。此处对于使用make和latexmk编译预览LaTeX文档分别做一个简要的介绍。……【阅读全文】

11月 29

shell中的bash与dash

Linux中的shell有多种类型,其中最常用的几种是Bourne   shell(sh)、C   shell(csh)和Korn   shell(ksh)。三种shell各有优缺点。Bourne   shell是UNIX最初使用的shell,并且在每种UNIX上都可以使用。Bourne   shell在shell编程方面相当优秀,但在处理与用户的交互方面做得不如其他几种shell。Linux操作系统缺省的shell是Bourne   Again   shell,它是Bourne   shell的扩展,简称Bash,与Bourne   shell完全向后兼容,并且在Bourne   shell的基础上增加、增强了很多特性。Bash放在/bin/bash中,它有许多特色,可以提供如命令补全、命令编辑和命令历史表等功能,它还包含 了很多C   shell和Korn   shell中的优点,有灵活和强大的编程接口,同时又有很友好的用户界面。……【阅读全文】

11月 29

在Shell脚本中显示进度条

注意:如果你使用的是Ubuntu,第一行中的程序路径一定要写/bin/bash而不是/bin/sh;其他版本的两者皆可,因为/bin/sh只是/bin/bash的一个软链接;在Ubuntu中/bin/sh是/bin/dash的软链接。

  • 方法一

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    10
    
    #!/bin/bash
     
    b=''
    for ((i=0;$i<=100;i+=2))
    do
           printf "progress:[%-50s]%d%%r" $b $i
           sleep 0.1
           b=#$b
    done
    echo

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5月 16

Shell与Perl中的颜色控制

1.控制码
e[0m 关闭所有属性
e[1m 设置高亮度
e[4m 下划线
e[5m 闪烁
e[7m 反显
e[8m 消隐
e[30m–33[37m 设置前景色
e[40m–33[47m 设置背景色
e[nA 光标上移n行
e[nB 光标下移n行
e[nC 光标右移n行
e[nD 光标左移n行
e[y;xH 设置光标位置
e[2J 清屏
e[K 清除从光标到行尾的内容
e[s 保存光标位置
e[u 恢复光标位置
e[?25l 隐藏光标
e[?25h 显示光标
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3月 09

Time For Science: UNIX tools and other lab tools

Time For Science是一套工具包,主要包括两部分内容:(通过Perl实现的)增强型的Unix系统工具,以及常用生物信息学工具的汇总。除此以外,还有一些Unix的配置文件、绘图的R脚本等。

下面简单介绍其中的几个小工具(详细介绍请点击文末的工具介绍链接):

  • trash.pl

类似于rm,但比rm更安全:它会把文件删除至默认的回收站中,而不是直接删除。

  • tree_of_filestructure.sh

显示目录树,完美支持中文!(不过好像只会现实到最底层的目录,而不会显示最低层目录下的文件。)

  • cut.pl

增强型的cut:可以在输出中对列进行重排。
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