4月
03
4月
02
浪漫的表白与猥琐的相思——几个有趣的R代码
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此图代表我的心
1 2 3 4 5 6 | n=50000; r=0.7;r_e=(1-r*r)^.5; X=rnorm(n); Y=X*r+r_e*rnorm(n); Y=ifelse(X>0,Y,-Y); plot(X,Y,col="pink") |
4月
01
Benford law（本福特定律）
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定义
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解释
本福特定律，也称为本福德法则，说明一堆从实际生活得出的数据中，以1为首位数字的数的出现机率约为总数的三成，接近期望值1/9的3倍。推广来说，越大的数，以它为首几位的数出现的机率就越低。它可用于检查各种数据是否有造假。
一组平均增长的数据开始时，增长得较慢，由最初的数字a增长到另一个数字a + 1起首的数的时间，必然比a + 1起首的数增长到a + 2，需要更多时间，所以出现率就更高了。
从数数目来说，顺序从1开始数，1,2,3,…,9，从这点终结的话，所有数起首的机会似乎相同，但9之后的两位数10至19，以1起首的数又大大抛离了其他数了。而下一堆9起首的数出现之前，必然会经过一堆以2,3,4,…,8起首的数。若果这样数法有个终结点，以1起首的数的出现率一般都比9大。
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3月
30
在R中调用igraph绘制网络图
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igraph简介
igraph is a free software package for creating and manipulating undirected and directed graphs. It includes implementations for classic graph theory problems like minimum spanning trees and network flow, and also implements algorithms for some recent network analysis methods, like community structure search.……【阅读全文】
3月
30
绘制图形的DOT语言简介
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DOT语言简介（摘抄自维基百科）
DOT语言是一种文本图形描述语言。它提供了一种简单的描述图形的方法，并且可以为人类和计算机程序所理解。DOT语言文件通常是具有.gv或是.dot的文件扩展名。
很多程序都可以处理DOT文件。其中的一些，例如dot，neato，twopi，circo, fdp与sfdp，会读取DOT文件并将之渲染成为图形格式。其它的一些，比如gvpr，gc，accyclic，ccomps，sccmap和tred，可以读取DOT文件并对它代表的图形进行一些处理。类似于GVedit，lefty，dotty和grappa则提供了交互式的界面。以上程序大部分都包括在了Graphviz软件包中。
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3月
27
（转）《古城荆棘王》剧情详解
序：看完《古城荆棘王》，莫名其妙得想到了《古剑奇谭》；也许两者都是建立在“一个强大的信念、一个无情的悲剧”基础之上的吧。而其中的姐姐和妹妹的关系又和《云之遥》中兰茵的分身术有几分相像……整个电影正叙与插叙、倒叙相混杂，现实与梦境、童话相交织，看完一遍很难明白到底是怎么一回事；所以在此处转载一下完全按事件发展的时间顺序来讲述的完整剧情。
此片剧情实为诡异，最后半小时尤为神棍……打破电影的顺序，按照故事的时间发展顺序，剧情应该是这样的：
几年前，一颗陨石撞击地球，陨石上附带的石化病（早在人类出现前就存在在宇宙中）也就因而开始在人类中传播。在陨石撞击的地方（俄罗斯某 村），村里的人都因为感染石化病而死去，除了一个叫爱丽丝的小萝莉。一位俄罗斯军官（维加）负责调查这个村子里的人突然全部死亡的原因，却发现伴随着石化病的出 现，村里同时也出现另外一个现象——有一个奇异的非自然进化出来的生物总是袭击、杀死人类。俄罗斯军官让手下射死了这个怪物，却发现了那个活下来的小萝莉。在进一步调查中，军官发现原来这个怪物是从小女孩的空想中产生的。后来军官认识到，小萝莉也感染了石化病而她没有死，反而因此获得了直接将想象转化成 现实的能力（当精神高度集中时），而且寿命是半永久的。
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3月
26
戏言高跟
戏言高跟
【戏讽高跟鞋，兼女性追风。】……【阅读全文】
3月
26
文件内容及文件名编码转换工具
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enca（文件内容编码转换）
enca -L zh_CN file……【阅读全文】
3月
26
基因组的坐标系统：0-based与1-based
在现实生活中，我们经常会遇到从0开始计数还是从1开始计数的问题。此处先从现实生活中的实例说起，过渡到电脑编程，然后再详细解释基因组的坐标问题，最后列出一些有用的网址，感兴趣的可以继续阅读、加深理解。
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first floor的问题
In British English the floor of a building at street level is the ground floor and the floor above that is the first floor.
在英式英语中, 楼房地面与街道相平的楼层叫ground floor, ground floor上面的一层叫first floor.
In US English the street-level floor is the first floor and the one above is the second floor.
在美式英语中, 与街道相平的楼层叫first floor, 其上面的一层叫second floor.
注：以上解释来源于《牛津英汉双解美化版》。
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3月
26
使用BioPerl解析BLAST结果
虽然有多种多样的办法来解析BLAST，即时单单对于Perl/BioPerl来说，你可以找到好多已有的脚本，如：blast_parsing.pl。但要想灵活的控制筛选条件及输出结果，还需要自己撰写脚本或者修改别人的脚本。所有这些的前提是你对BLAST结果中的各个项目有所了解，同时要知道如何提取出自己想要的项目。……【阅读全文】
