上古时期，蚩尤和黄帝争夺天下。天女青儿为了帮助爱侣黄帝而将天界神剑黄金剑带下凡间，与此剑同下凡间的还有琴、笛、笙、磬四件乐器。因为天女的帮助，黄帝最终战胜了蚩尤，并用东皇钟创造了山海界，把炎帝麾下战败诸侯以及不臣服于自己的人流放到山海界里。大战时黄金剑不幸折断，黄帝和天女共同修复了这把剑，用黄帝的名字命名为“轩辕剑”，并把轩辕剑当自己的孩子一样看待。

天女因为修复轩辕剑，自身体质发生变化。因为她的体质会给神州带来干旱，也就是传说中的“旱魃”，黄帝为了神州子民，忍痛将天女放逐到山海界。天女对此事怨念很深；黄帝也对此事十分伤心，并在轩辕剑上刻下铭文（即为《追昔》）表达对天女的思念与后悔。山海界中的居民都是当年黄帝的敌人，一来因为仇恨，再者为了山海界不遭受灾难，把天女分成“魄”“灵”“体”三部分进行封印。

天上一日，地上一年。当天界的天帝知道天女的事情时，黄帝已然老矣。天帝把黄帝抓来问罪，盛怒之下把黄帝囚禁在神凛幻域的荧煌之扉后，并亲自设下结界，还在结界里灌注崆峒印的法力，使黄帝在结界里不老不死，受尽折磨。并且，设定只有用天女的力量才能击破荧煌之扉释放黄帝。

应龙是黄帝的衷心部下；由于黄帝对应龙一族有恩，应龙族的族长应龙便奉黄帝为主人，应龙之女为黄帝的剑僮。应龙对黄帝忠心耿耿，得知主人被封印后，一心想要解救黄帝。他想起轩辕剑中带有天女的力量，设法找到轩辕剑并且带着剑来到荧煌之扉，试图将其击破。但是因为轩辕剑是黄帝和天女共同铸造，天女的力量不纯，无法劈开荧煌之扉，反而被看守在那里的神使千岳在他来不及反应的时候以共同石化的方式就此被封印，应龙之女也跟随在应龙身旁沉睡。

三国时期，轩辕剑转世为双生子，也就是皇甫朝云和皇甫暮云两兄弟。因为战乱，这两位童年的轩辕剑转世者跟着姐姐北上逃难，因为粮食不够，皇甫朝云选择离开姐姐和弟弟自生自灭，把粮食留给他们，后来被赵云所救并抚养成人，成为蜀汉飞羽部队羽之部的领导人。皇甫暮云跟着姐姐北上时在野外遇到群狼袭击，姐姐不幸遇难，暮云悲愤，剑气爆发，杀死群狼后自己也晕倒在路上。

暮云此次的剑气爆发，唤醒了沉睡中应龙的女儿，身为黄帝剑僮的应龙之女决定代替爹爹完成营救主人的任务。应龙之女从沉睡中苏醒后，来到刚爆发剑气尚未苏醒的暮云身旁，施展了应龙族古老的法术，将他的神识记忆从本体分离出来，并在他新的空白神识里，下了一道对她绝对服从的命令；这就造成了暮云小时候痴痴呆呆并且丧失了童年时的记忆。从本体分离出来的暮云神识，没有肉体无法生存太久，情急之下便附身到旁边的狼尸里，就是金狼。后来金狼经过一些事情之后，终於放下一切（它认为轩辕剑的剑气本来是他的，所以一直想夺取暮云的剑气），往云和山的彼端前进，成为轩辕剑3里面的轩辕剑仙。

后来暮云被徐庶发现，收为养子，改名为徐暮云。应龙之女为了救主人的目的而守护着暮云，最终成为张郃家的剑僮，陪身为张郃弟子的暮云一起练剑。随着时光的推移，暮云新的空白神识渐渐变得正常而像普通人；应龙之女则因日久生情而困扰不已。因为要救主人，就必须把暮云体内的天女剑气给分离出来，但这样一来，暮云必定会爆体而亡，变回轩辕剑。为了解决这个困扰，应龙之女决定把他对轩辕剑转世者徐暮云的爱恋之情从本体分离出去，所以对自己也施展了应龙族古老的法术。但事与愿违，法术失误，被分离出去的却是除了爱慕暮云和控制暮云以外的其他部分。应龙之女留下的爱慕暮云和有操控暮云能力的这个身体就是兰茵；被分离出去的部分寄宿在一个刚死去的小姑娘的身上，这就是芝茵。因为还需要等轩辕剑转世者剑气继续成长，最后两人约定，本体（兰茵）留在洛阳陪着暮云，被分离出去的元灵（芝茵）则出外修练。

后来芝茵以兰茵干姐姐的身份来到兰茵身边，监督兰茵执行毁灭暮云、解救黄帝的任务。她们带着暮云来到荧煌之扉前，引导暮云力量爆发，发现这股剑气根本没办法打穿荧煌之扉。兰茵知道如果这样的话，就只有毁灭暮云才能分离出天女的力量。她当然不愿意牺牲自己的心上人，却也没办法忤逆爹爹的意思。而芝茵也十分体恤兰茵，决定陪她寻找其他方法进行尝试。在应龙老朋友后土娘娘的口中得知，或许盘古斧可以劈开一条空间裂缝以达到释放黄帝的目的，并送了兰茵一只小黄龙跟她一起旅行。因为芝茵要去解除应龙的石化禁锢，兰茵在小黄龙的陪伴下踏上了去桃花仙境寻找盘古斧的旅途，历尽万难后终于得到盘古斧，但在荧煌之扉前发现盘古斧根本解除不了天帝的封印。芝茵劝兰茵别再抱有幻想，牺牲暮云营救主人是她的宿命。但是兰茵并不死心，她再次找到后土娘娘，得知用百年瑶花，千年昆仑果和万年雪钟乳这三种神物炼化的归元之瞳可以让一个人体内不同的力量成功分离并且收放自如。兰茵为了自己爱的人决心一试，但是芝茵却一再督促兰茵完成任务。兰茵无奈之下求助暮云的义兄魏明帝曹睿，将事件对曹睿合盘托出，曹睿对芝茵谎称派兰茵前往并西执行任务，实则把兰茵送到了东北，一来脱离芝茵的感应，二来方便兰茵去长白山寻找万年雪钟乳。得到万年雪钟乳后，兰茵前往巫山寻找百年琼花，但是巫山仙子之前已经许诺把百年琼花留给自己的妹妹笙儿，也就是《汉之云》里的横艾，新的百年琼花要三十年后才能长出。兰茵对芝茵说了这一切，芝茵不愿意再等三十年，并且不断敦促兰茵。兰茵无奈再次求助于曹睿，曹睿利用身边仙子磬儿的力量冰封了芝茵来为兰茵争取时间。兰茵在寻找最后一种药材的路上，得知张郃木门道阵亡，暮云正在木门道守孝。兰茵见到暮云之后，得知暮云守孝时，金狼来袭企图夺回自己的身体，暮云剑气紊乱，误杀徐庶，导致暮云情绪低落到极点，兰茵决定先送暮云回洛阳家中。这时应龙成功得挣脱了石化的束缚，并且解除了芝茵的冰封禁锢，一起前往洛阳等待兰茵自投罗网。父女两鉴于兰茵让他们失望的表现，芝茵取回了原本属于自己的身体和控制暮云的能力，并且控制暮云到荧煌之扉前毁灭暮云分离剑气解救黄帝。施法之前，应龙给了女儿一颗视为至宝的珠子，可以确保芝茵在剑气爆发时得以生还。芝茵控制暮云分离剑气时，体内的兰茵一直在试图夺回神识，内心世界里，两姐妹约定决战一场来决定身体的控制权归谁。一场艰难的决战后兰茵胜出，她拿回神识时暮云的剑气已经开始爆发，最后一刻兰茵把应龙给的那颗可以保命的珠子放在了暮云的身上，留下了暮云的性命，自己却在剑气爆发中丧命。打开荧煌之扉后，众人见到了轩辕黄帝，黄帝却表示为了表达对天女的愧疚，自己不愿意离开。应龙为了再劝说黄帝一次，被荧煌之扉灼伤，芝茵带着受伤的父亲返回天界，并对暮云说兰茵去了遥远的地方；暮云则遵守与养父徐庶的约定前往蜀汉保护诸葛亮，便是汉之云中的白衣尊者。