太古时代，众神还都居住在人间洪涯境的时候，火神祝融用榣山之木制做了三把琴，分别叫做皇来、鸾来和凤来。后来，凤来化灵、具人之形态、能说人语。于是，祝融请地皇女娲用牵引命魂之术使此灵成为完整生命，取名太子长琴。太子长琴在榣山旷野奏乐怡情时结识了一位好友——一只榣山水湄边的水虺，这只水虺名叫悭臾。悭臾坚信终有一日将修炼成通天彻地的应龙，于是与太子长琴相约：若成应龙定要太子长琴坐于龙角旁，带其上天入地、乘奔御风，往来山川之间。

数百年后，天皇伏羲不满人间，率众离开人界登天而去。太子长琴依依不舍与悭臾别过而登天。伏羲将其追随者渡为仙身，太子长琴亦然。众神仙忙于建造天宫，三百日后诸事完毕，于是太子长琴往下界榣山寻其好友悭臾。殊不知，天上一日、地下一年，人间三百年已然匆匆而逝，榣山已经没有了悭臾的踪迹。

数千年后，一条黑龙于人界南方的戏水之举引来民怨。黑龙打伤伏羲派遣惩戒它的仙将后，逃入不周山中寻求衔烛之龙之子钟鼓的庇护。火神祝融、水神共工与太子长琴被派往不周山捉拿黑龙。黑龙有应龙钟鼓保护，祝融、共工也没有必胜之法，只好让太子长琴奏乐迷惑钟鼓。太子长琴奏乐至半，突然发现祝融、共工所要斩杀的正是好友水虺悭臾，不忍再奏。太子长琴因未能以琴音迷惑钟鼓，使得祝融、共工与钟鼓大战，引发不周山天柱倾塌，天地几近覆灭之灾。众神旷日持久奔走辛劳，灾劫得以平定。悭臾被女神赤水女子献收为坐骑，成为天界战龙；共工、祝融则往渤海之东的深渊归墟思过千年；太子长琴被贬为凡人，永去仙籍，落凡后寡亲缘情缘，轮回往生皆为孤独之命。

与此同时，蚩尤的胞弟、大剑师襄亘以凡人之躯铸造始祖剑，该剑威力无穷，弑神杀魔，引天帝伏羲震惊，一夜之间将襄亘及其部落安邑屠尽。安邑部族的旁支龙渊部族则留存了下来，卧薪尝胆，以期反攻天庭。

太子长琴的原身凤来既毁，三魂七魄前往投胎，于投胎途中在榣山眷恋不去，被人界龙渊部族的工匠角离所得。角离以禁法取其命魂四魄铸就焚寂之剑。所余二魂三魄不甘散去，恰逢角离之妻临盆，于是附于角离之子命魂，不日出生。角越自小常呆望焚寂，似心有所感。龙渊部族七柄凶剑亦同时大成。伏羲再次震怒，女娲为避免伏羲屠戮龙渊、抢夺凶剑与蚩尤领导的魔界一战，设下骗局将龙渊部族全部带入地下幽居，并同时派祭司将七柄凶剑分发各地进行封印。角越因失去焚寂之剑投入铸剑炉中自焚而亡。

千百年后，焚祭的封印松动，女娲派出祭司巫咸风广陌前往焚寂封印之地——乌蒙灵谷加强封印。

由于魂魄缺失，无法进入轮回。太子长琴为生存只能以渡魂之术一代代夺取其他生物（人或兽）的躯体作为容器。这一代，他叫做欧阳少恭，为青玉坛丹芷长老。这一代后，太子长琴的命魂就将耗尽，需要找回另一半魂魄；否则，其魂魄将消散于天地之间。于是他开始计划抢夺焚祭。在乌蒙灵谷，他遇到了大巫祝韩休宁的儿子韩云溪；并从他口中设计骗出乌蒙灵谷的弱点，屠尽全村。欧阳少恭和雷严（青玉坛弟子）在焚寂封印的地方——冰炎洞内，以血涂之阵将焚寂中太子长琴的命魂四魄引出。韩休宁为了保护焚寂，在风广陌抵挡欧阳少恭和雷严的时候，把焚寂剑魂封入已死的韩云溪身体内。欧阳少恭和风广陌均在在血涂之阵的冲击之下昏死过去；韩休宁身死；焚寂折断。不明就里的雷严把欧阳少恭和风广陌带回了青玉坛，意欲待风广陌醒来后询问其他凶剑的所在；却把寒云溪和折断的焚寂留在了冰炎洞。

未曾料到，风广陌最终虽然苏醒，却因血涂之阵的冲击丧失了记忆。雷严觉得既然无法从他口中得知其他凶剑的所在，留着也无用，欲杀死风广陌，被欧阳少恭拦下。风广陌因感念欧阳少恭对他的“再生”之恩以及其他种种原因，改名尹千觞，游戏于红尘俗世之中；并视欧阳少恭为知心好友。

因焚寂剑魂而“重生”的韩云溪被昆仑山天墉城的执剑长老紫胤真人所救，并被其收为入室弟子；取“屠绝鬼气，苏醒人魂”之意，改名百里屠苏。

十余年后，百里屠苏因被诬陷“杀死同门师弟”而私下昆仑山。同时，因风广陌一去不返、杳无音信，其妹风晴雪被女娲派往人界寻找风广陌的下落并探查焚寂的消息。

百里屠苏下山后，在翻云寨中救出欧阳少恭、方兰生等人的同时，也救出了一只金色的小狐狸。这只小狐狸就是被韩云溪小时候“欺负”过的那只金色小狐狸，其真实身份是一只九尾天狐，化为人形，名“襄铃”。而紫胤真人因正在闭关，其收藏的古剑红玉的剑灵“红玉”被唤醒，下山寻找百里屠苏并予以保护。加上失去记忆的风广陌，百里屠苏、风晴雪、方兰生、襄铃、红玉、尹千觞，六人小组正式成立，开始了《古剑奇谭》之旅。

此处省略长达几十个小时的游戏剧情。