Category Archives: 电脑编程
5月
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5月
14
获取基因组的子序列
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下载基因组的序列,将此问题转换为“从Fasta文件中提取子序列”。【适用于单个或批量】
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使用UCSC的galaxy【适用于单个或批量】
第一步:整理基因组坐标格式。
把基因组坐标整理为如下格式,保存到一个纯文本文件中。……【阅读全文】
5月
14
【推荐】Perl Programming for Biologists
《Perl Programming for Biologists》以生物学中的实际例子来讲解Perl,循序渐进。全书共设3大部分:初级、中级与高级,有11个章节,内容除涉及标量、数组、散列、循环控制、子例程、文本处理、输入输出、模块等基本内容外,还专门讲解了参考、面向对象的编程以及Bioperl等生物信息学中经常遇到的内容。
虽然是英文版的,但英文非常简单,大多数时候可以流畅阅读。当然,还是建议至少看完一遍小骆驼之后再来看此书。
PS:书中有不少错误,阅读的时候一定要注意奥。……【阅读全文】
5月
10
Vim使用杂记
以前使用Vim删除多行时,都是使用dnj;不知怎么得突然想试一下d与行号的组合(d:n),居然有效!
在某几行内进行替换时,都是使用:n1,n2s/x/y/g,这种指定行号的方法可不可以与d组合使用呢?自己试验一下吧!……【阅读全文】
5月
10
终端中退出Vim后乱码的解决方案
在Gnome终端菜单栏的“编辑”菜单中选择“编辑文件首选项”,在弹出的窗口中点选“标题和命令”选项卡,可以看到“起始标题”编辑框中是“终端”两个字,把它改成“ 终端 ”,即前后各加一个英文空格,其中空格也可以是其他英文符号或数字字母等,但不能是中文字符,点击“关闭”;问题解决!……【阅读全文】
5月
10
使用Shell内置的time命令测试Perl程序运行时间
终端中输入:……【阅读全文】
5月
10
UNIX时分系统
5月
10
如何成为一名黑客
4月
26
Ubuntu中Shell命令行下自动安装Perl模块
Windows下,可以用Perl Module Manager(Perl包管理器,PPM)来自动安装Perl模块。……【阅读全文】
4月
26
Perl读取文件三法
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按行读,存入标量
while (<FILE>) { print; }……【阅读全文】