Category Archives: 生物信息

介绍生物信息学相关知识及其软件的使用

5月 30

用R绘制饼图

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  • Simple Pie Chart

Script

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slices <- c(10, 12,4, 16, 8)
lbls <- c("US", "UK", "Australia", "Germany", "France")
pie(slices, labels = lbls, main="Pie Chart of Countries")

Output
pie1
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5月 30

使用Perl绘制统计图

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注意：请将代码中的“》”（中文全角）全部替换为“>”（英文半角）。

  • Bar

代码：

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#!/use/bin/perl
 
use SVG::TT::Graph::Bar;
 
my @fields        = qw(Jan Feb Mar);
my @data_sales_02 = qw(12 45 21);
 
my $graph = SVG::TT::Graph::Bar-》new(
  {
      'height' =》 '500',
      'width'  =》 '300',
      'fields' =》 @fields,
  }
);
 
$graph-》add_data(
  {
      'data'  =》 @data_sales_02,
      'title' =》 'Sales 2002',
  }
);
 
open( my $fh, '》', "bar.svg" );
select $fh;
binmode $fh;
print $graph-》burn();
close($fh);

输出：
bar
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5月 15

【转载】初品Bioperl

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序：让程序读起来更生动
第一篇：让BioPerl在你的电脑上安家
第二篇：构造一条fasta序列
第三篇：从本地文件中获取fasta序列
第四篇：从本地文件中获取Genbank序列
第五篇：序列格式的转换
第六篇：从远程数据库下载序列之一
第六篇：从远程数据库下载序列之二
第七篇：对象的类型……【阅读全文】

5月 14

【推荐】Perl Programming for Biologists

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《Perl Programming for Biologists》以生物学中的实际例子来讲解Perl，循序渐进。全书共设3大部分：初级、中级与高级，有11个章节，内容除涉及标量、数组、散列、循环控制、子例程、文本处理、输入输出、模块等基本内容外，还专门讲解了参考、面向对象的编程以及Bioperl等生物信息学中经常遇到的内容。
虽然是英文版的，但英文非常简单，大多数时候可以流畅阅读。当然，还是建议至少看完一遍小骆驼之后再来看此书。
PS：书中有不少错误，阅读的时候一定要注意奥。……【阅读全文】

5月 09

【转载】How to get a paper published – 关于论文发表（原文及译文）

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  • 相关资源

How to get a paper published – 关于论文发表（原文及译文）

  • 正文内容

After you have followed all the advices on how to write a paper, had it submitted to a journal of your choice, here are things you should do:

1. If the editor and the journal are established and responsible, you should receive an acknowledgement within two weeks. Otherwise, you should post an inquiry. Manuscripts do get lost at times.

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