全文提纲
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11月
02
Category Archives: 生物信息
11月
02
[转载]如何获取文献
11月
01
人类单个个体SNP、InDel等的密度
参考阅读：人类基因组中的基因密度、特征长度和SNP密度……【阅读全文】
10月
24
[NEWS]BioMed Central is ready for mobile
继上周《Genome Biology》（BioMed Central的子刊之一）开始提供文献的ePUB格式下载后，今天收到邮件说——BioMed Central开始支持从移动设备上对其进行访问。也许国外（的科研界，至少是在Open Access领域）正在悄悄地进行一场革命。……【阅读全文】
10月
22
[文献]Tools for mapping high-throughput sequencing data
引言：因为没有权限，我没有看到全文。从作者给的官网链接内容来看，作者对各种工具的特性进行了一个详细的比较，详情参看http://wwwdev.ebi.ac.uk/fg/hts_mappers/。……【阅读全文】
10月
22
《Genome Biology》开始提供文献的ePUB格式下载
据我所知，《Genome Biology》（IF=9.04）从上周开始提供文献的ePUB格式下载（以前只有PDF格式）。……【阅读全文】
10月
13
人类基因组中的基因密度、特征长度和SNP密度
一、源起
本周，在为本科生设计生物信息学实验的时候，突发奇想，想要利用Galaxy工具计算一下人类基因组的常识性信息，如：每条染色体上的基因密度，外显子、内含子等特征（feature）的平均长度，SNP在UTR、编码区、内含子等不同特征区域的密度。
二、工具
系统平台：Linux（Ubuntu 12.04，AMD64）。
UCSC Table：下载基因组数据至本地。
Galaxy：用于在线处理基因组数据。
BEDTools（v2.16.2）：用于本地处理基因组数据
R（v2.15.1）：绘制图表。
其他：Vim（v7.3.429）。
三、数据库
human genome：hg19
dbSNP：135
四、结果
1.基因在每条染色体上的数目与密度。
- 数据表格
| chromosome | length.bp | length.100kb | geneNumber | geneDensity.numberPer100Mb |
|---|---|---|---|---|
| chr1 | 249250621 | 2492.50621 | 4177 | 1675.82330718 |
| chr2 | 243199373 | 2431.99373 | 2563 | 1053.86784858 |
| chr3 | 198022430 | 1980.2243 | 2251 | 1136.73991376 |
| chr4 | 191154276 | 1911.54276 | 1592 | 832.835149343 |
| chr5 | 180915260 | 1809.1526 | 1739 | 961.223503203 |
| chr6 | 171115067 | 1711.15067 | 2071 | 1210.29669468 |
| chr7 | 159138663 | 1591.38663 | 1940 | 1219.06264853 |
| chrX | 155270560 | 1552.7056 | 2083 | 1341.5292635 |
| chr8 | 146364022 | 1463.64022 | 1437 | 981.79865541 |
| chr9 | 141213431 | 1412.13431 | 1573 | 1113.91670669 |
| chr10 | 135534747 | 1355.34747 | 1749 | 1290.4439922 |
| chr11 | 135006516 | 1350.06516 | 2485 | 1840.65189861 |
| chr12 | 133851895 | 1338.51895 | 2102 | 1570.39241021 |
| chr13 | 115169878 | 1151.69878 | 711 | 617.348921738 |
| chr14 | 107349540 | 1073.4954 | 1334 | 1242.66950748 |
| chr15 | 102531392 | 1025.31392 | 1357 | 1323.49710028 |
| chr16 | 90354753 | 903.54753 | 1600 | 1770.79782399 |
| chr17 | 81195210 | 811.9521 | 2331 | 2870.85900757 |
| chr18 | 78077248 | 780.77248 | 599 | 767.188925511 |
| chr20 | 63025520 | 630.2552 | 1167 | 1851.63089491 |
| chrY | 59373566 | 593.73566 | 347 | 584.435167664 |
| chr19 | 59128983 | 591.28983 | 2716 | 4593.34807095 |
| chr22 | 51304566 | 513.04566 | 924 | 1801.00929028 |
| chr21 | 48129895 | 481.29895 | 534 | 1109.49753786 |
- 条形图展示
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10月
13
关于EMBOSS和Galaxy的生物信息学实验课程设计
本人设计的针对本科生的生物信息学实验课程设计，包括涉及EMBOSS和Galaxy的三个题目：
- 基于 EMBOSS 平台对 *** 基因进行序列分析
- 基于 Galaxy 平台分析 *** 物种基因在基因组中的分布
- 基于 Galaxy 平台分析 *** 物种 SNP 在不同特征区域中的分布
对于每一个题目，我都记录了详细的操作步骤，对于想学习EMBOSS和Galaxy（主要是后者）的朋友可能会有所帮助。
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10月
08
[文献]Exome sequencing and complex disease: practical aspects of rare variant association studies
Do, R., Kathiresan, S., Abecasis, G. R. (2012). Exome sequencing and complex disease: practical aspects of rare variant association studies. Human molecular genetics, (734), 137. doi:10.1093/hmg/dds387. http://hmg.oxfordjournals.org/content/21/R1/R1.full……【阅读全文】
9月
14
[文献]两篇关于生物信息学与在线学习的文献
本周，PLOS Computational Biology发表了两篇关于生物信息学与在线学习的文献，感兴趣的下载下来看一下：……【阅读全文】
