Tag Archives: R

3月 09

Time For Science: UNIX tools and other lab tools

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Time For Science是一套工具包，主要包括两部分内容：（通过Perl实现的）增强型的Unix系统工具，以及常用生物信息学工具的汇总。除此以外，还有一些Unix的配置文件、绘图的R脚本等。

下面简单介绍其中的几个小工具（详细介绍请点击文末的工具介绍链接）：

  • trash.pl

类似于rm，但比rm更安全：它会把文件删除至默认的回收站中，而不是直接删除。

  • tree_of_filestructure.sh

显示目录树，完美支持中文！（不过好像只会现实到最底层的目录，而不会显示最低层目录下的文件。）

  • cut.pl

增强型的cut：可以在输出中对列进行重排。
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3月 04

【推荐】R的IDE/GUI

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RStudio™ is a new integrated development environment (IDE) for R. RStudio combines an intuitive user interface with powerful coding tools to help you get the most out of R.
RStudio brings together everything you need to be productive with R in a single, customizable environment. Its intuitive interface and powerful coding tools help you get work done faster.
RStudio is available for all major platforms including Windows, Mac OS X, and Linux.……【阅读全文】

1月 12

【文献推荐】如何教/学R

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2009年8月的PLoS Computational Biology上发表了一篇名为《向计算生物学专业的学生教授R语言的简明指导》的文章。虽然作者是以老师的身份来讲解的，但对于学习R的同学来说同样大有裨益。

作者先简单说明了一下为什么计算生物学专业的同学需要学习、使用R？最主要的原因在于R中的Bioconductor项目。之后作者分条列目得“详述”了如何向学生教授R。其中包括课程、书籍、网络资料，适用于练手的计算生物学问题，如何用R画图，R中的可重复研究——Sweave（LaTeX与R的结合），以及R中经常遇到的问题。在最后一部分，作者介绍了几个典型的问题，如：语法错误、变量的预赋值、向量化（即如何避免循环）、向量化的简单实例、数据类型的选择。文章的最后，作者对文章进行了非常简单的总结。

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