Time For Science是一套工具包,主要包括两部分内容:(通过Perl实现的)增强型的Unix系统工具,以及常用生物信息学工具的汇总。除此以外,还有一些Unix的配置文件、绘图的R脚本等。
下面简单介绍其中的几个小工具(详细介绍请点击文末的工具介绍链接):
- trash.pl
类似于rm,但比rm更安全:它会把文件删除至默认的回收站中,而不是直接删除。
- tree_of_filestructure.sh
显示目录树,完美支持中文!(不过好像只会现实到最底层的目录,而不会显示最低层目录下的文件。)
- cut.pl
增强型的cut:可以在输出中对列进行重排。
- sheet.pl
对于以制表符分隔的文件来说,相当于增强型的less -S。
- join.pl
增强型的join:不需要对文件进行排序;
只能处理两个文件。
- join_multi.pl
可以同时处理多个文件。
- select.pl
通过正则表达式来提取行。
- transpose.pl
矩阵转置!
- flatten.pl
输入:
Alpha Beta Gamma Delta Beta
输出:
Alpha Beta
Alpha Gamma
Alpha Delta
Alpha Beta
- expand.pl
输入:
Alpha Beta
Alpha Gamma
Alpha Delta
Delta Gamma
Omega Delta
输出:
Alpha Beta Gamma Delta
Delta Gamma
Omega Delta