信息来源
报告正文
近日，科学顾问团（Science Advisory Board）公布了其最近对下一代测序（NGS）技术的调查报告，以补充之前对于实时定量PCR和微阵列等基因组技术的综合性研究。……【阅读全文】
5月
10
Tag Archives: SNP
12月
26
[转]我们细胞核中的DNA都有用吗？
12月
26
[转]人类基因组研究的重大进展：DNA功能元件百科全书完成
12月
06
[转]ENCODE30篇论文全摘要 聚焦人基因组功能研究
11月
02
[文献]The UCSC genome browser and associated tools
Kuhn, R. M., Haussler, D., Kent, W. J. (2012). The UCSC genome browser and associated tools. Briefings in bioinformatics. doi:10.1093/bib/bbs038……【阅读全文】
11月
01
人类单个个体SNP、InDel等的密度
参考阅读：人类基因组中的基因密度、特征长度和SNP密度……【阅读全文】
10月
13
人类基因组中的基因密度、特征长度和SNP密度
一、源起
本周，在为本科生设计生物信息学实验的时候，突发奇想，想要利用Galaxy工具计算一下人类基因组的常识性信息，如：每条染色体上的基因密度，外显子、内含子等特征（feature）的平均长度，SNP在UTR、编码区、内含子等不同特征区域的密度。
二、工具
系统平台：Linux（Ubuntu 12.04，AMD64）。
UCSC Table：下载基因组数据至本地。
Galaxy：用于在线处理基因组数据。
BEDTools（v2.16.2）：用于本地处理基因组数据
R（v2.15.1）：绘制图表。
其他：Vim（v7.3.429）。
三、数据库
human genome：hg19
dbSNP：135
四、结果
1.基因在每条染色体上的数目与密度。
- 数据表格
- 条形图展示
