Tag Archives: BioPerl

5月 15

【转载】初品Bioperl

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序：让程序读起来更生动
第一篇：让BioPerl在你的电脑上安家
第二篇：构造一条fasta序列
第三篇：从本地文件中获取fasta序列
第四篇：从本地文件中获取Genbank序列
第五篇：序列格式的转换
第六篇：从远程数据库下载序列之一
第六篇：从远程数据库下载序列之二
第七篇：对象的类型……【阅读全文】

5月 14

【推荐】Perl Programming for Biologists

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《Perl Programming for Biologists》以生物学中的实际例子来讲解Perl，循序渐进。全书共设3大部分：初级、中级与高级，有11个章节，内容除涉及标量、数组、散列、循环控制、子例程、文本处理、输入输出、模块等基本内容外，还专门讲解了参考、面向对象的编程以及Bioperl等生物信息学中经常遇到的内容。
虽然是英文版的，但英文非常简单，大多数时候可以流畅阅读。当然，还是建议至少看完一遍小骆驼之后再来看此书。
PS：书中有不少错误，阅读的时候一定要注意奥。……【阅读全文】

3月 26

使用BioPerl解析BLAST结果

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虽然有多种多样的办法来解析BLAST，即时单单对于Perl/BioPerl来说，你可以找到好多已有的脚本，如：blast_parsing.pl。但要想灵活的控制筛选条件及输出结果，还需要自己撰写脚本或者修改别人的脚本。所有这些的前提是你对BLAST结果中的各个项目有所了解，同时要知道如何提取出自己想要的项目。……【阅读全文】