引言：因为没有权限，我没有看到全文。从作者给的官网链接内容来看，作者对各种工具的特性进行了一个详细的比较，详情参看http://wwwdev.ebi.ac.uk/fg/hts_mappers/。……【阅读全文】
10月
22
Tag Archives: 文献
10月
22
《Genome Biology》开始提供文献的ePUB格式下载
据我所知，《Genome Biology》（IF=9.04）从上周开始提供文献的ePUB格式下载（以前只有PDF格式）。……【阅读全文】
10月
08
[文献]Exome sequencing and complex disease: practical aspects of rare variant association studies
Do, R., Kathiresan, S., Abecasis, G. R. (2012). Exome sequencing and complex disease: practical aspects of rare variant association studies. Human molecular genetics, (734), 137. doi:10.1093/hmg/dds387. http://hmg.oxfordjournals.org/content/21/R1/R1.full……【阅读全文】
9月
14
[文献]两篇关于生物信息学与在线学习的文献
本周，PLOS Computational Biology发表了两篇关于生物信息学与在线学习的文献，感兴趣的下载下来看一下：……【阅读全文】
3月
16
[文献]果蝇难过美人关 借酒消愁愁更愁
莫愁前路无知己，天下果蝇尽识君！……【阅读全文】
7月
04
R及LaTeX的入门资料
一点建议：通读《R for 初学者》；浏览《R 常见问题解答》；《R 导论》和《R语言简介》供深入学习；《R 参考卡片》供查阅。
PS1：一篇很好的文献（千万不要忽视补充材料奥！）。
PS2：如果你不喜欢纯命令行的操作，推荐使用RStudio。
PS3：一个Sweave的实例。……【阅读全文】
1月
12
【文献推荐】生物信息学编程技能的培养
2009年12月的PLoS Computational Biology上发表了一篇名为《培养实用生物信息学编程技能的简明指导》的文章。在此推荐给生物信息学专业的学生。不管你是“菜鸟”还是“高手”，读一读此文，均将获益匪浅。用原文中的一句话来说，就是：Successful adoption of these principals will serve both beginner and experienced bioinformaticians alike in career develop- ment and pursuit of professional and scientific goals.
我根据自己的理解把文中作者的观点整理概括如下：
1月
12
【文献推荐】如何教/学R
2009年8月的PLoS Computational Biology上发表了一篇名为《向计算生物学专业的学生教授R语言的简明指导》的文章。虽然作者是以老师的身份来讲解的，但对于学习R的同学来说同样大有裨益。
作者先简单说明了一下为什么计算生物学专业的同学需要学习、使用R？最主要的原因在于R中的Bioconductor项目。之后作者分条列目得“详述”了如何向学生教授R。其中包括课程、书籍、网络资料，适用于练手的计算生物学问题，如何用R画图，R中的可重复研究——Sweave（LaTeX与R的结合），以及R中经常遇到的问题。在最后一部分，作者介绍了几个典型的问题，如：语法错误、变量的预赋值、向量化（即如何避免循环）、向量化的简单实例、数据类型的选择。文章的最后，作者对文章进行了非常简单的总结。
1月
11
【文献推荐】多重假设检验中的p值校正
在生物学特别是基因组学的研究工作中，经常会遇到多重假设检验（multiple testing）的问题；此时，得到的原始p值需要进行校正后才能使用，那么哪种校正方法更加适合自己的研究工作呢？p-values, false discovery rates(FDR) 和 q-values有什么不同？它们分别代表什么意义？
对于统计科班的同学来说，这不过是小菜一碟；但对于纯生物出身的同学来说，别说去看公式了，光是听听就觉得头大！不过幸运的是，有牛人（William S Noble）了解我们的苦衷，于是一篇nature biotechnology的文章诞生了——《How does multiple testing correction work?》。
