架子有单练、对练、群练之别,但不管是那种练法,都要有一定的节奏。……【阅读全文】
熟能生巧是良训 一分辛苦一分材
间断了近一年的锻炼终于恢复了!虽然以前有一定的基础,但恢复起来还是异常得艰难。简单记录一下自己的感受,算是一个小小的总结吧。
1. 动作虽然还记得,但想到未必等于做到。特别是刚开始的一两天,对于连贯、流畅、协调等一切要求皆是心有余而力不足。
2. 因长时间使用鼠标而耸肩,平时感觉不到,等到压肩的时候才发现异常得疼痛,看来右肩已基本废掉。
3. 以前对刚柔协调的不好,现在则是非常不好;不是一味得刚,就是一味得柔,始终不能将两者糅合在一起。
4. 动作的基本框架基本没什么问题,但细节之处却是要形没形、要样没样,处处需要纠正。
5. 体力严重不支!虽然能够勉强坚持下来,但到了架子的后半段基本上都在喘粗气,形神皆严重走样。
6. 晚上有一位保安过来玩了一会,看他玩棍,虽然好多地方断断续续甚至走样,但还是有值得称赞的地方,特别是挂棍和撩棍的转换,一看就是练过的。据他本人介绍,他已经二十多年没玩棍了,这么看来当年他的基本功应当非常扎实。与他相比,自己不过才放下不到一年的时间,连最基本的挂棍、撩棍等都异常得手生,更别提流畅了,真是丢人!
7. 试了一下鲤鱼打挺,结果不出所料,鲤鱼变成了死鱼……
8. 凡事贵在坚持,如果说世上真有真理的话,那恐怕就是熟能生巧了。这两天明显感觉比最开始的一两天好多了。
9. 功夫,功夫,消耗的是“功夫”,得到的也是“功夫”。……【阅读全文】
获取基因组的子序列
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下载基因组的序列,将此问题转换为“从Fasta文件中提取子序列”。【适用于单个或批量】
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使用UCSC的galaxy【适用于单个或批量】
第一步:整理基因组坐标格式。
把基因组坐标整理为如下格式,保存到一个纯文本文件中。……【阅读全文】
【推荐】Perl Programming for Biologists
《Perl Programming for Biologists》以生物学中的实际例子来讲解Perl,循序渐进。全书共设3大部分:初级、中级与高级,有11个章节,内容除涉及标量、数组、散列、循环控制、子例程、文本处理、输入输出、模块等基本内容外,还专门讲解了参考、面向对象的编程以及Bioperl等生物信息学中经常遇到的内容。
虽然是英文版的,但英文非常简单,大多数时候可以流畅阅读。当然,还是建议至少看完一遍小骆驼之后再来看此书。
PS:书中有不少错误,阅读的时候一定要注意奥。……【阅读全文】
人类的一些显隐性案例
棕色眼睛是显性,蓝色眼睛是隐性。
色觉是显性,色盲是隐性。
头发浓密是显性,秃顶是隐性。
卷起舌头是显性,无法卷起舌头是隐性。
多指是显性,五指是隐性。(注:看到这条时,多少有点惊讶。)……【阅读全文】
排除指定文件的递归拷贝
有时候我们有这种需要:递归复制整个目录(包含子目录和文件)同时排除掉指定类型的文件。此时,第一个想到的工具就是cp,但是cp没有排除指定文件的参数选项,所以需要配合find或者grep才能实现此功能。具体的使用方法,请自行搜索。我测试了其中一个方法,发现无法保持目录结构。最后只得放弃cp。
放弃cp不等于没有其他思路。粗略来说,“复制”可以算作“同步”的同义词,所以可以使用同步工具(或命令)来实现上述要求,如rsync。测试如下:
第一步:建立测试所用的目录、文件等。
1 2 3 | $mkdir -p ./raw/aaa/bbb ./raw/ccc ./copy $touch ./raw/aaa/1.r ./raw/aaa/1.txt ./raw/aaa/1.pl $touch ./raw/aaa/bbb/2.tex ./raw/aaa/bbb/2.pl ./raw/aaa/bbb/2.r |