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9336ac2b165fc40c741a8f9d556b2e41000……【阅读全文】
2月
14
Category Archives: 生物信息
2月
13
FASTQ格式中的测序质量
Fastq格式中的测序质量有两种：一种是标准的Sanger质量（即：Phred质量值），另一种则是Solexa/Illumina的变体。详细解释与描述请参考文末的扩展阅读。……【阅读全文】
2月
13
FASTQ格式
Fastq格式是用来保存第二代测序数据的格式，其中同时包含了测序序列与测序质量，而且序列本身和测序质量都以单个的ASCII字符来表示。Fastq没有标准的后缀名，一般使用“.fq”或者“.fastq”，当然，“.txt”亦可。
Fastq格式一般包含四行：第一行以“@”起始，后跟相应的描述信息（类似于Fasta格式）；第二行是序列本身；第三行由“+”起始，后面的描述信息可有可无，若有的话，则与第一行中的完全一样；第四行是第二行测序序列的测序质量，字符数与第二行相等。
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1月
12
【文献推荐】生物信息学编程技能的培养
2009年12月的PLoS Computational Biology上发表了一篇名为《培养实用生物信息学编程技能的简明指导》的文章。在此推荐给生物信息学专业的学生。不管你是“菜鸟”还是“高手”，读一读此文，均将获益匪浅。用原文中的一句话来说，就是：Successful adoption of these principals will serve both beginner and experienced bioinformaticians alike in career develop- ment and pursuit of professional and scientific goals.
我根据自己的理解把文中作者的观点整理概括如下：
1月
11
【文献推荐】多重假设检验中的p值校正
在生物学特别是基因组学的研究工作中，经常会遇到多重假设检验（multiple testing）的问题；此时，得到的原始p值需要进行校正后才能使用，那么哪种校正方法更加适合自己的研究工作呢？p-values, false discovery rates(FDR) 和 q-values有什么不同？它们分别代表什么意义？
对于统计科班的同学来说，这不过是小菜一碟；但对于纯生物出身的同学来说，别说去看公式了，光是听听就觉得头大！不过幸运的是，有牛人（William S Noble）了解我们的苦衷，于是一篇nature biotechnology的文章诞生了——《How does multiple testing correction work?》。
1月
03
FASTA格式
Fasta格式是保存序列最常见的格式之一。
Fasta格式的起始标识符为“>”，后面紧跟相应的描述；下面就是一行一行的序列，严格来讲，每一行最好不要超过80个字符，序列中的回车符不会影响序列的连续性及程序对序列的处理。
示例Fasta格式如下：
