生成特定碱基比例的随机序列

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  • 起因

怎么用perl程序，随机生成一条序列，使ACGT四种碱基的含量分别为0.3，0.3，0.2，0.2！

  • 方法一（不使用模块，by agonyr）

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#!/usr/bin/perl -w
 
use strict;
 
my @seq = ( "A", "T", "C", "G" );
my $length = 10000;
 
undef my %hash;
$hash{"A"} = int( $length * 0.3 );
$hash{"C"} = int( $length * 0.3 );
$hash{"G"} = int( $length * 0.2 );
$hash{"T"} = int( $length * 0.2 );
 
my $i = 0;
while ( $i 《 $length ) {
    my $word = $seq[ rand(@seq) ];
    if ( $hash{$word} ) {
        print "$word";
        $i++;
    }
    $hash{$word}--;
}
print "n";

  • 方法二（使用模块，by yixf）

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#!/usr/bin/perl 
 
use strict;
use warnings;
 
use BioX::SeqUtils::RandomSequence;
 
my $randomizer = BioX::SeqUtils::RandomSequence-》new(
    {
        l =》 10000,
        s =》 1,
        y =》 "dna",
        a =》 3,
        c =》 3,
        g =》 2,
        t =》 2
    }
);
print $randomizer-》rand_seq(), "n";

  • 两种方法比较

设定长度为10000，ACGT的比例为3:3:2:2。

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withoutModule	Length=10000	GC=49.42%	A=2558,C=2503,G=2439,T=2500,Others=0
withModule	Length=10000	GC=50.00%	A=3000,C=3000,G=2000,T=2000,Others=0

    • 你说的整数指的是全长吗？
      保持例子中碱基比例不变，把长度l设成11,我简单测试了一下，每次多出来的那个碱基（11-10=1）不一定是哪一个，应该是随机的。
      当然，最好还是阅读模块的源码，这样就知道是不是真的随机了。