• 假想实验

对长100bp的目标区域进行捕获测序：采用单端测序，每个read长5bp；总共得到了200个reads；把所有的reads比对到目标区域后，100bp的目标区域中有98bp的位置至少有1个read覆盖到，换言之，剩余的2bp没有1个read覆盖。

• 深度（depth）

200 x 5 / 100 = 10

我们说这此测序的深度为10X。

• 覆盖度（coverage）

98 / 100 × 100% = 98%

我们说这次测序的覆盖度为98%。

• 备注

就此问题，我曾经请教过一些人（包括技术人员、老师、同学），其中有和我理解相同的，也有和我理解相反的，也有人认为两者是同一个东西，没有什么区别。所以，不要被我所“误导”奥！