虽然有多种多样的办法来解析BLAST，即时单单对于Perl/BioPerl来说，你可以找到好多已有的脚本，如：blast_parsing.pl。但要想灵活的控制筛选条件及输出结果，还需要自己撰写脚本或者修改别人的脚本。所有这些的前提是你对BLAST结果中的各个项目有所了解，同时要知道如何提取出自己想要的项目。

此文的目的就是授渔而非授鱼。下面是几个使用BioPerl来解析BLAST的资料，只要你仔细阅读（主要是前两个）并进行简单的测试，就可以把BLAST玩弄于股掌之间了。

Parsing BLAST HSPs：简单快速的入门知道与脚本
NCBI-BLAST parsing problems：详细的解释与清晰的Method列表
Parsing BLAST and FASTA reports with Search and SearchIO：更多方法