FASTQ格式转换为FASTA格式

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  1. 代码

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    #!/usr/bin/perl
use Bio::SeqIO::fastq;
 
my $in = Bio::SeqIO->new(
-format => 'fastq',
 
#-variant => 'solexa',
-file => 'in.fq'
);
 
my $out = Bio::SeqIO->new(
-format => 'fasta',
-file   => '>out.fa'
);
 
while ( my $seq = $in->next_seq ) {
$out->write_seq($seq);
}

  2. 注释

    3. 第2行——使用Bio::SeqIO::fastq模块；
    第5行——指定输入文件的格式为FASTQ；
    第8行——指定输入文件的名称；
    第12行——指定输出文件的格式为FASTA；
    第13行——指定输出文件的名称；

  3. 扩展阅读

    4. Bio::SeqIO::fastq（CPAN）