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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 | #!/usr/bin/perl use Bio::SeqIO::fastq; my $in = Bio::SeqIO->new( -format => 'fastq', #-variant => 'solexa', -file => 'in.fq' ); my $out = Bio::SeqIO->new( -format => 'fasta', -file => '>out.fa' ); while ( my $seq = $in->next_seq ) { $out->write_seq($seq); } |
第2行——使用Bio::SeqIO::fastq模块;
第5行——指定输入文件的格式为FASTQ;
第8行——指定输入文件的名称;
第12行——指定输出文件的格式为FASTA;
第13行——指定输出文件的名称;