1. 下载基因组的序列，将此问题转换为“从Fasta文件中提取子序列”。【适用于单个或批量】

2. 使用UCSC的galaxy【适用于单个或批量】

第一步：整理基因组坐标格式。
把基因组坐标整理为如下格式，保存到一个纯文本文件中。……【阅读全文】

在现实生活中，我们经常会遇到从0开始计数还是从1开始计数的问题。此处先从现实生活中的实例说起，过渡到电脑编程，然后再详细解释基因组的坐标问题，最后列出一些有用的网址，感兴趣的可以继续阅读、加深理解。

• first floor的问题

In British English the floor of a building at street level is the ground floor and the floor above that is the first floor.
在英式英语中, 楼房地面与街道相平的楼层叫ground floor, ground floor上面的一层叫first floor.

In US English the street-level floor is the first floor and the one above is the second floor.
在美式英语中, 与街道相平的楼层叫first floor, 其上面的一层叫second floor.
注：以上解释来源于《牛津英汉双解美化版》。
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• 简介

bedtools总共有二三十个工具/命令来处理基因组数据。比较典型而且常用的功能举例如下：
格式转换，bam转bed（bamToBed），bed转其他格式（bedToBam，bedToIgv）；
对基因组坐标的逻辑运算，包括：交集（intersectBed，windowBed），”邻集“（closestBed），补集（complementBed），并集（mergeBed），差集（subtractBed）;
计算覆盖度（coverage）（coverageBed，genomeCoverageBed）；
此外，还有一些强大而实用的工具（shuffleBed，groupBy，annotateBed，……）。……【阅读全文】