1月 12

【文献推荐】生物信息学编程技能的培养

2009年12月的PLoS Computational Biology上发表了一篇名为《培养实用生物信息学编程技能的简明指导》的文章。在此推荐给生物信息学专业的学生。不管你是“菜鸟”还是“高手”,读一读此文,均将获益匪浅。用原文中的一句话来说,就是:Successful adoption of these principals will serve both beginner and experienced bioinformaticians alike in career develop- ment and pursuit of professional and scientific goals.

我根据自己的理解把文中作者的观点整理概括如下:

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1月 12

【文献推荐】如何教/学R

2009年8月的PLoS Computational Biology上发表了一篇名为《向计算生物学专业的学生教授R语言的简明指导》的文章。虽然作者是以老师的身份来讲解的,但对于学习R的同学来说同样大有裨益。

作者先简单说明了一下为什么计算生物学专业的同学需要学习、使用R?最主要的原因在于R中的Bioconductor项目。之后作者分条列目得“详述”了如何向学生教授R。其中包括课程、书籍、网络资料,适用于练手的计算生物学问题,如何用R画图,R中的可重复研究——Sweave(LaTeX与R的结合),以及R中经常遇到的问题。在最后一部分,作者介绍了几个典型的问题,如:语法错误、变量的预赋值、向量化(即如何避免循环)、向量化的简单实例、数据类型的选择。文章的最后,作者对文章进行了非常简单的总结。

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1月 11

【文献推荐】多重假设检验中的p值校正

在生物学特别是基因组学的研究工作中,经常会遇到多重假设检验(multiple testing)的问题;此时,得到的原始p值需要进行校正后才能使用,那么哪种校正方法更加适合自己的研究工作呢?p-values, false discovery rates(FDR) 和 q-values有什么不同?它们分别代表什么意义?

对于统计科班的同学来说,这不过是小菜一碟;但对于纯生物出身的同学来说,别说去看公式了,光是听听就觉得头大!不过幸运的是,有牛人(William S Noble)了解我们的苦衷,于是一篇nature biotechnology的文章诞生了——《How does multiple testing correction work?》。

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1月 03

五势梅花桩

  • 梅花桩简介

梅花拳是广泛流传于河南、山东、河北一带的著名拳种。因古时练功者常在百余根桩上习练,其套路动作左右对称,宛如盛开之梅花,故称“干支五势梅花桩”。到近代,移至地上练功,故又称“落地梅花拳”。 它是昆仑派的基本拳法之一,是受中华民族传统文化影响最深的一种拳术。其精髓在于集中了佛、道、儒三家学派之精义和周易之理,技击以孙子兵法为谋略;以文场指导武场,讲究修身养性,一招一式中孕育着动静之道,刚柔之术;闪展腾挪之中显现着造化之功,自然之理。

1月 03

KeepNote:跨平台好用的笔记管理软件

推荐一个易用使用且跨平台的笔记管理软件:KeepNote。

官方网站

• 简单介绍

KeepNote可以存储你的课堂笔记,待办事项列表,研究笔记,日记,文件,可存储富文本格式,图像,也可以为文件添加附件等。当你在创建编辑笔记时,系统会自动存储内容,保证笔记不会丢失。你可以分类,按树型结构排序整理内容。当笔记内容非常多时,使用全文搜索,您可以检索后引用任何说明。你所存储的笔记是易于操作的文件格式(HTML和XML)。压缩复制文件夹非常方便,在多个平台间存档和传输,也能保证你的笔记格式统一。KeepNote算是Linux下最方便好用的笔记软件之一。

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