1月 18

《Perl语言入门》(第五版,中文版)勘误

说明:此勘误表最早由Jeova Sanctus Unus发表在perlchina邮件列表中。经作者同意,现整理后转发于此。

P128 习题1 “如果输入某一行包含字符串 fred”中的”fred“应为“Fred”
P128 习题2 “接受fred”,”输入的字符串是fred”,两处中的”fred”均应为”Fred”
P128 习题4 “而不输出含有Fred” 中的”Fred“应为 “fred”
P132 正文倒数第2行 “/bFredb/” 应为 “/bfredb/(即F应该小写)
P135 第8行 “如果$what的值为fred(barney)”多了”)”
P144 注26 模块的名字应该是YAPE::Regex::Explain(即Regexp改为Regex)
P145 习题2 “Mrs._Wilma_Flintsone”应为”Mrs. Wilma Flintstone”
P158 第3段 “对大程序来说无关轻重“多了个”大“
P180 习题1 “Too hight”多了个”t”
P236 第15章 智能匹配操作符已经不符合交换律了!
如:
P236 表15-1 “@a~~123” 应为 “123~~@a”
P236 表15-1 “@a~~ ‘Fred’” 应为 “‘Fred~~@a”
详细说明请参看perlsyn中的”Smart matching in detail”部分。
P274 习题2 “[ $_ ? 1]”中的”?”应为”-”……【阅读全文】

1月 17

(翻译)编程中的命名约定

序:此文是译文,有选择性的翻译了Wikipedia上的原文,原文题目:Naming convention (programming)。因能力有限,难免存在讹误;如果你有能力,建议你阅读英文原文。原文链接见文末。

在计算机编程中,命名约定是用于程序源码和文档的一套规则,根据此规则来选取合适的字符串作为变量、类型和函数等的标识符。

之所以采用命名约定(而不允许程序员随意选取字符串)的原因在于:

  • 便于阅读、理解程序源码;
  • 美化程序源码(如,不允许过长的命名及缩写命名)。

命名约定是一个极易引起争论的话题,因为不同的“党派”都坚信自己使用的规则是最完美的的,其他人的规则都“略逊一筹”。通俗得来说,这属于“宗教信仰”的问题。好多公司或群体量身定制了自己的命名规则。

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1月 17

蒙提霍尔问题(山羊和车的游戏)

  1. 简单描述

  2. 假设你正在参加一个游戏节目,你被要求在三扇门中选择一扇:其中一扇后面有一辆车;其余两扇后面则是山羊。你选择了一道门,假设是一号门,然后知道门后面 有什么的主持人,开启了另一扇后面有山羊的门,假设是三号门。他然后问你:“你想选择二号门吗?”转换你的选择对你来说是一种优势吗?

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1月 14

[共享]正版电子书——O’Reilly Pocket Reference系列

O’Reilly曾对自己出版的Pocket Reference系列书籍(原价$8-$12不等)进行打折(所谓的Exclusive $3.99 Ebook Deal of the Day)。多年来一直都是使用盗版电子书,这次借机买了10来本,算是安慰一下自己、减缓一下内心的愧疚感。详细书单如下:……【阅读全文】

1月 13

《新水浒传》剧中人物之我观

《新水浒传》已经看到20多集了,始终感觉好多剧中人物有一点不”和谐“。

  • 先说”和谐“的:

宋江:中规中矩,无甚优点、无甚缺点。

公孙胜:颇有仙风道骨,很帅!

吴用:比其它”鲁莽“的英雄好汉更加沉稳、冷静,不负”智多星“盛名。

白胜:不愧是”地耗星“,很有鼠性嘛!

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1月 12

【文献推荐】生物信息学编程技能的培养

2009年12月的PLoS Computational Biology上发表了一篇名为《培养实用生物信息学编程技能的简明指导》的文章。在此推荐给生物信息学专业的学生。不管你是“菜鸟”还是“高手”,读一读此文,均将获益匪浅。用原文中的一句话来说,就是:Successful adoption of these principals will serve both beginner and experienced bioinformaticians alike in career develop- ment and pursuit of professional and scientific goals.

我根据自己的理解把文中作者的观点整理概括如下:

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1月 12

【文献推荐】如何教/学R

2009年8月的PLoS Computational Biology上发表了一篇名为《向计算生物学专业的学生教授R语言的简明指导》的文章。虽然作者是以老师的身份来讲解的,但对于学习R的同学来说同样大有裨益。

作者先简单说明了一下为什么计算生物学专业的同学需要学习、使用R?最主要的原因在于R中的Bioconductor项目。之后作者分条列目得“详述”了如何向学生教授R。其中包括课程、书籍、网络资料,适用于练手的计算生物学问题,如何用R画图,R中的可重复研究——Sweave(LaTeX与R的结合),以及R中经常遇到的问题。在最后一部分,作者介绍了几个典型的问题,如:语法错误、变量的预赋值、向量化(即如何避免循环)、向量化的简单实例、数据类型的选择。文章的最后,作者对文章进行了非常简单的总结。

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1月 11

【文献推荐】多重假设检验中的p值校正

在生物学特别是基因组学的研究工作中,经常会遇到多重假设检验(multiple testing)的问题;此时,得到的原始p值需要进行校正后才能使用,那么哪种校正方法更加适合自己的研究工作呢?p-values, false discovery rates(FDR) 和 q-values有什么不同?它们分别代表什么意义?

对于统计科班的同学来说,这不过是小菜一碟;但对于纯生物出身的同学来说,别说去看公式了,光是听听就觉得头大!不过幸运的是,有牛人(William S Noble)了解我们的苦衷,于是一篇nature biotechnology的文章诞生了——《How does multiple testing correction work?》。

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