前文《生成特定碱基比例的随机序列》介绍了如何用Perl来生成特定碱基比例的随机序列。
此处补充一种使用R（Bioconductor）的方法。
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 | #如果没有安装Bioconductor，首先按照下述步骤安装需要的Biostrings包 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("Biostrings") #产生特定碱基比例的随机序列 library(Biostrings) x 《- paste(sample(c("A", "C", "G", "T"), 10000, replace=TRUE,prob=c(0.3, 0.3, 0.2, 0.2)), collapse="") x 《- DNAString(x) x # will print x alphabetFrequency(x,baseOnly=TRUE) #最终碱基比例如下 A C G T other 3047 2946 1990 2017 0 |
参考资料：
Install Bioconductor Packages
Generating random DNA/protein sequence permutation
