2009年8月的PLoS Computational Biology上发表了一篇名为《向计算生物学专业的学生教授R语言的简明指导》的文章。虽然作者是以老师的身份来讲解的,但对于学习R的同学来说同样大有裨益。
作者先简单说明了一下为什么计算生物学专业的同学需要学习、使用R?最主要的原因在于R中的Bioconductor项目。之后作者分条列目得“详述”了如何向学生教授R。其中包括课程、书籍、网络资料,适用于练手的计算生物学问题,如何用R画图,R中的可重复研究——Sweave(LaTeX与R的结合),以及R中经常遇到的问题。在最后一部分,作者介绍了几个典型的问题,如:语法错误、变量的预赋值、向量化(即如何避免循环)、向量化的简单实例、数据类型的选择。文章的最后,作者对文章进行了非常简单的总结。
全篇处处珠玑,值得细读。可以看的出,只有过来人才能写出如此的文章。举个例子:The best way that the students learn a programming language is by actually using the language on problem sets(学习编程语言的最好方法就是在实际问题中使用它)。
补充一句:看完这片文献之后,一定要看看补充材料奥,特别是补充材料1(Lecture notes for programming in R)。你可以把它当成R的简介入门来看;但实际包含的内容远远超越了入门的阶层。
文章的详细信息:
Eglen, Stephen J. 2009. A quick guide to teaching R programming to computational biology students. PLoS computational biology 5, no. 8 (August): e1000482. doi:10.1371/journal.pcbi.1000482. http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=2725315&tool=pmcentrez&rendertype=abstract.
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