Fastq格式是用来保存第二代测序数据的格式，其中同时包含了测序序列与测序质量，而且序列本身和测序质量都以单个的ASCII字符来表示。Fastq没有标准的后缀名，一般使用“.fq”或者“.fastq”，当然，“.txt”亦可。

Fastq格式一般包含四行：第一行以“@”起始，后跟相应的描述信息（类似于Fasta格式）；第二行是序列本身；第三行由“+”起始，后面的描述信息可有可无，若有的话，则与第一行中的完全一样；第四行是第二行测序序列的测序质量，字符数与第二行相等。
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