Fastq格式是用来保存第二代测序数据的格式，其中同时包含了测序序列与测序质量，而且序列本身和测序质量都以单个的ASCII字符来表示。Fastq没有标准的后缀名，一般使用“.fq”或者“.fastq”，当然，“.txt”亦可。

Fastq格式一般包含四行：第一行以“@”起始，后跟相应的描述信息（类似于Fasta格式）；第二行是序列本身；第三行由“+”起始，后面的描述信息可有可无，若有的话，则与第一行中的完全一样；第四行是第二行测序序列的测序质量，字符数与第二行相等。

Fastq格式示例如下：

@SEQ_ID
GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT
+
!”*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*”))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65

上面讲的是常见的（单端测序的）Fastq格式，对于双端测序，还应注意以下几点：
1. 双端测序一般有两个文件（也可通过某种规则把两个文件合并成一个）。
2. 第一个文件与第二个文件的行数完全一样，且测序序列的排列顺序完全一致。
3. 在第一个文件中，描述信息的结尾是“/1”，表示是双端测序的一端；第二个文件中同样位置/行数的相对应的测序序列的描述信息则以“/2”结尾，表示是双端测序的另一端。
双端测序的Fastq格式示例（略）。

扩展阅读：
Fastq格式的详细说明（柳城博客）
http://maq.sourceforge.net/fastq.shtml
FASTQ format（Wikipedia）